285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1261 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1261  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 89 aa  172  9.999999999999999e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0399917 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2105  30S ribosomal protein S20  83.15 
 
 		 107 aa  145  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  72.94 
 
 		 88 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  73.26 
 
 		 86 aa  117  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3844  30S ribosomal protein S20  68.18 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160691  hitchhiker  0.0019697 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5467  30S ribosomal protein S20  68.18 
 
 		 88 aa  114  3e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3465  30S ribosomal protein S20  68.18 
 
 		 88 aa  114  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3262  ribosomal protein S20  74.42 
 
 		 90 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521997  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2665  30S ribosomal protein S20  75.31 
 
 		 86 aa  114  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1145  30S ribosomal protein S20  74.68 
 
 		 95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.576615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1207  ribosomal protein S20  72.84 
 
 		 86 aa  111  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.872926  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13310  SSU ribosomal protein S20P  74.07 
 
 		 86 aa  111  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3912  30S ribosomal protein S20  74.07 
 
 		 86 aa  110  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3185  ribosomal protein S20  71.25 
 
 		 86 aa  110  8.000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2207  ribosomal protein S20  77.78 
 
 		 86 aa  110  8.000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7071  ribosomal protein S20  70.73 
 
 		 88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595098  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2281  30S ribosomal protein S20  66.29 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0218498  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2223  ribosomal protein S20  76.54 
 
 		 86 aa  107  5e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133967  normal  0.0102835 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3522  30S ribosomal protein S20  71.25 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.824464  normal  0.131692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3510  30S ribosomal protein S20  71.25 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3582  30S ribosomal protein S20  71.25 
 
 		 86 aa  106  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0144899 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12440  30S ribosomal protein S20  71.6 
 
 		 86 aa  105  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1556  30S ribosomal protein S20  74.07 
 
 		 86 aa  105  3e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3421  ribosomal protein S20  74.67 
 
 		 86 aa  104  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144385  normal  0.0315354 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17380  SSU ribosomal protein S20P  65.12 
 
 		 86 aa  104  5e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.573431  hitchhiker  0.00388054 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0827  SSU ribosomal protein S20P  69.14 
 
 		 92 aa  102  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0352915  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2800  ribosomal protein S20  66.25 
 
 		 86 aa  102  1e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.207865  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0776  SSU ribosomal protein S20P  71.43 
 
 		 151 aa  103  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38047  normal  0.149543 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1889  30S ribosomal protein S20  66.28 
 
 		 86 aa  102  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  70.89 
 
 		 86 aa  102  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0689  ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 89 aa  101  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.152983 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1979  30S ribosomal protein S20  64.2 
 
 		 86 aa  94  7e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000253249 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12640  SSU ribosomal protein S20P  71.6 
 
 		 86 aa  93.6  7e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.464272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1654  ribosomal protein S20  63.29 
 
 		 167 aa  89.4  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.158748  hitchhiker  0.00316633 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2242  30S ribosomal protein S20  65.43 
 
 		 86 aa  89  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.636504  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10270  ribosomal protein S20  63.29 
 
 		 162 aa  87.4  6e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000127538  unclonable  0.00000000113677 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0802  ribosomal protein S20  60.76 
 
 		 87 aa  84.3  5e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.939654  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  51.69 
 
 		 89 aa  83.6  9e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000240091  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2005  ribosomal protein S20  58.02 
 
 		 95 aa  82.8  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.894621  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12430  SSU ribosomal protein S20P  70 
 
 		 88 aa  83.2  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0372924  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1614  ribosomal protein S20  63.64 
 
 		 88 aa  82  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  51.69 
 
 		 89 aa  81.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0854  ribosomal protein S20  61.25 
 
 		 86 aa  77.8  0.00000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0577  SSU ribosomal protein S20P  51.85 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1295  ribosomal protein S20  55.56 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.312929  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07740  ribosomal protein S20  62.03 
 
 		 172 aa  73.9  0.0000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.603346 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1176  SSU ribosomal protein S20P  50 
 
 		 88 aa  72.4  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.150472  hitchhiker  0.00109182 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0583  30S ribosomal protein S20  62.5 
 
 		 86 aa  71.6  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 85 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4173  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 85 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124088  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2090  30S ribosomal protein S20  49.37 
 
 		 94 aa  69.3  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000134662  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4403  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4069  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00157919  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4547  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4455  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000115322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2299  30S ribosomal protein S20  51.25 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00503928  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2014  30S ribosomal protein S20  51.25 
 
 		 87 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4441  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000591712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4344  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 85 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153456 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3259  ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  68.2  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.602906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  46.91 
 
 		 85 aa  67  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  0.0000000000117943 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2505  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 88 aa  66.2  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1932  ribosomal protein S20  46.25 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000591631  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4315  30S ribosomal protein S20  47.62 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000159944  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  49.38 
 
 		 88 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0490  ribosomal protein S20  48.86 
 
 		 99 aa  63.9  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  48.75 
 
 		 91 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  48.75 
 
 		 91 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0527  ribosomal protein S20  45 
 
 		 88 aa  63.2  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12880  ribosomal protein S20  43.68 
 
 		 87 aa  63.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.40535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1520  30S ribosomal protein S20  47.73 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.171164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  45.57 
 
 		 88 aa  62  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0947  ribosomal protein S20  46.84 
 
 		 100 aa  62  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  44.44 
 
 		 87 aa  60.8  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1576  ribosomal protein S20  48.31 
 
 		 89 aa  60.8  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1587  30S ribosomal protein S20  41.98 
 
 		 88 aa  60.8  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0510441  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  45.68 
 
 		 87 aa  59.7  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  44.3 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1172  30S ribosomal protein S20  47.5 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000300859  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1979  ribosomal protein S20  43.21 
 
 		 85 aa  58.2  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176977  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0700  ribosomal protein S20  44.71 
 
 		 92 aa  58.2  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000536683  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  40.51 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  43.21 
 
 		 87 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058734  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 		 87 aa  57.4  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000431209  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0416  30S ribosomal protein S20  43.75 
 
 		 87 aa  57.4  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000443906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  57.4  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0238  30S ribosomal protein S20  45.95 
 
 		 85 aa  57.4  0.00000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00017388  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  43.04 
 
 		 88 aa  57  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0818  30S ribosomal protein S20  48.1 
 
 		 81 aa  57  0.00000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1039  ribosomal protein S20  41.98 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000562255  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1019  30S ribosomal protein S20  41.38 
 
 		 116 aa  55.8  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.230406  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2031  30S ribosomal protein S20  48.15 
 
 		 87 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0513769  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0850  30S ribosomal protein S20  47.06 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00000116553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>