284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2141 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_2141  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 
382 aa  785  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  8.30223e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2152  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  99.74 
 
 
382 aa  782  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.883478  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01475  hypothetical protein  100 
 
 
382 aa  785  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.690608  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  98.17 
 
 
871 aa  775  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  98.43 
 
 
740 aa  775  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1589  fimbrial usher family protein  100 
 
 
382 aa  785  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01463  hypothetical protein  100 
 
 
382 aa  785  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.559549  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  56.81 
 
 
878 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  56.54 
 
 
856 aa  471  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  56.81 
 
 
878 aa  471  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  56.81 
 
 
878 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  56.81 
 
 
878 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  56.28 
 
 
863 aa  469  1e-131  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4914  outer membrane usher protein FimD, truncation  61.54 
 
 
286 aa  387  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.25 
 
 
877 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.67 
 
 
876 aa  310  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  40.72 
 
 
866 aa  302  7e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  42.45 
 
 
873 aa  302  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  42.45 
 
 
888 aa  302  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  42.45 
 
 
888 aa  301  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  40.72 
 
 
866 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  40.72 
 
 
866 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.72 
 
 
866 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  40.72 
 
 
866 aa  300  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  40.46 
 
 
866 aa  300  2e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  42.19 
 
 
888 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.82 
 
 
833 aa  299  5e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  41.93 
 
 
888 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  42.27 
 
 
870 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  41.99 
 
 
870 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  41.99 
 
 
870 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  41.71 
 
 
870 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  41.71 
 
 
870 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  39.43 
 
 
866 aa  293  4e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.14 
 
 
869 aa  287  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  39.14 
 
 
869 aa  286  3e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  39.14 
 
 
869 aa  287  3e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  39.14 
 
 
869 aa  287  3e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  39.14 
 
 
869 aa  286  5e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  39.14 
 
 
869 aa  284  2e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.34 
 
 
867 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  39.17 
 
 
842 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  39.17 
 
 
842 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  39.17 
 
 
842 aa  269  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.83 
 
 
837 aa  259  5e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  38.06 
 
 
851 aa  253  5e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.73 
 
 
840 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  36.24 
 
 
844 aa  228  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  37.03 
 
 
839 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.84 
 
 
851 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  36.22 
 
 
840 aa  221  1e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  35.99 
 
 
848 aa  215  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  35.99 
 
 
848 aa  215  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  35.99 
 
 
848 aa  215  1e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  35.99 
 
 
848 aa  213  3e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  35.44 
 
 
848 aa  211  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  34.38 
 
 
809 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  34.38 
 
 
809 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  34.38 
 
 
809 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  34.38 
 
 
809 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  34.38 
 
 
809 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  35.49 
 
 
838 aa  206  7e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.21 
 
 
838 aa  206  8e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  35.21 
 
 
863 aa  205  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  35.21 
 
 
838 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  35.21 
 
 
838 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  35.21 
 
 
838 aa  205  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.93 
 
 
838 aa  204  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.33 
 
 
871 aa  198  2e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.72 
 
 
859 aa  187  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  33.24 
 
 
823 aa  178  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  33.24 
 
 
823 aa  178  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  32.77 
 
 
836 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.11 
 
 
823 aa  174  2e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  32.49 
 
 
836 aa  174  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  32.49 
 
 
836 aa  174  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  32.2 
 
 
836 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  28.81 
 
 
901 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.81 
 
 
901 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.78 
 
 
831 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  30.28 
 
 
870 aa  159  8e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.92 
 
 
870 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.26 
 
 
861 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  29.04 
 
 
837 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.47 
 
 
866 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  29.62 
 
 
814 aa  156  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.06 
 
 
850 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.32 
 
 
880 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.25 
 
 
1040 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.87 
 
 
857 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.84 
 
 
837 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.65 
 
 
872 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.14 
 
 
850 aa  146  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.21 
 
 
884 aa  146  6e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  4.34399e-10 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.02 
 
 
844 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  27.17 
 
 
839 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  28.16 
 
 
872 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  27.54 
 
 
868 aa  144  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  31.49 
 
 
865 aa  141  2e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.64 
 
 
852 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>