80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0286 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  100 
 
 
153 aa  301  2e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  99.35 
 
 
153 aa  300  6e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  2.94803e-06 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  72.79 
 
 
136 aa  203  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  74.44 
 
 
151 aa  196  1e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  70.54 
 
 
151 aa  192  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  62.91 
 
 
151 aa  189  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  56.38 
 
 
150 aa  169  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  59.73 
 
 
150 aa  168  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  45.1 
 
 
150 aa  136  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.94758e-08 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  44.44 
 
 
150 aa  134  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  44.52 
 
 
153 aa  114  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  40.41 
 
 
153 aa  112  2e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  43.06 
 
 
149 aa  107  8e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  43.45 
 
 
149 aa  106  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.39572e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  40.28 
 
 
149 aa  105  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  41.38 
 
 
149 aa  104  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  3.23618e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  41.38 
 
 
149 aa  104  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.42907e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  43.41 
 
 
153 aa  104  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.70281e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  41.09 
 
 
153 aa  103  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  40.69 
 
 
149 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.08946e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  40.69 
 
 
149 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.45313e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  40.69 
 
 
149 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.08815e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  40.69 
 
 
149 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  6.89857e-09  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  41.96 
 
 
147 aa  102  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  40 
 
 
149 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  5.71925e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  38.71 
 
 
155 aa  94.4  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  40.14 
 
 
149 aa  91.3  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  33.99 
 
 
155 aa  84.7  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  36.99 
 
 
151 aa  82  3e-15  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  30.26 
 
 
153 aa  75.5  2e-13  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  29.87 
 
 
159 aa  75.9  2e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  30.97 
 
 
155 aa  73.9  7e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  34.42 
 
 
156 aa  72.8  2e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  38.89 
 
 
146 aa  70.9  7e-12  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  34.69 
 
 
156 aa  70.1  1e-11  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  32 
 
 
172 aa  68.2  4e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  34.06 
 
 
152 aa  67  9e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  30.72 
 
 
170 aa  65.5  3e-10  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  31.69 
 
 
148 aa  64.3  6e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  32.06 
 
 
151 aa  63.9  7e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  31.73 
 
 
152 aa  63.2  1e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  32.69 
 
 
153 aa  63.5  1e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  32.14 
 
 
151 aa  63.5  1e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  35.58 
 
 
149 aa  62  3e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  32.05 
 
 
153 aa  62  3e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  33.33 
 
 
152 aa  62  3e-09  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  37.6 
 
 
159 aa  61.2  5e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  31.73 
 
 
152 aa  61.2  5e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  31.73 
 
 
155 aa  60.8  7e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  30.26 
 
 
155 aa  60.5  8e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0569  cytochrome c, class II  34.88 
 
 
158 aa  60.5  8e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  28.97 
 
 
152 aa  58.9  2e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  34.65 
 
 
149 aa  58.5  3e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  33.33 
 
 
150 aa  57  8e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  32.81 
 
 
154 aa  57.4  8e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  29.37 
 
 
148 aa  57  9e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  33.86 
 
 
149 aa  56.6  1e-07  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  27.97 
 
 
148 aa  56.6  1e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  29.75 
 
 
152 aa  53.9  7e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  29.75 
 
 
152 aa  53.9  8e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  32.61 
 
 
144 aa  53.9  9e-07  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  31.76 
 
 
146 aa  52.4  2e-06  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  31.45 
 
 
153 aa  52.4  2e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  31.34 
 
 
149 aa  52.4  2e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  33.07 
 
 
149 aa  52.8  2e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  30.26 
 
 
149 aa  51.6  4e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  28.38 
 
 
151 aa  48.9  2e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  29.27 
 
 
157 aa  48.9  2e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  28.1 
 
 
149 aa  49.3  2e-05  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0327  cytochrome c, class II  29.56 
 
 
153 aa  48.9  2e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.781322  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  28.29 
 
 
154 aa  48.1  4e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  27.87 
 
 
148 aa  47.8  6e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  28.91 
 
 
166 aa  47.4  8e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  35.9 
 
 
146 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  29.79 
 
 
159 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  24 
 
 
169 aa  45.1  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  27.74 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4059  putative cytochrome c-like protein  26.89 
 
 
197 aa  40.4  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  36.89 
 
 
146 aa  40.4  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3783  putative cytochrome c-like protein  26.89 
 
 
197 aa  40.4  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.550568 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>