48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4496 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  100 
 
 		 149 aa  302  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  83.22 
 
 		 149 aa  256  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  73.83 
 
 		 149 aa  233  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  69.8 
 
 		 150 aa  204  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  58.78 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  36.49 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  29.73 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  42.74 
 
 		 157 aa  80.9  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  35.76 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  36.57 
 
 		 148 aa  70.1  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  30.67 
 
 		 151 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  34.81 
 
 		 146 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  34.51 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  31.62 
 
 		 172 aa  55.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  31.01 
 
 		 150 aa  55.5  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  30 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  30 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  30.77 
 
 		 153 aa  53.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  27.95 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  27.52 
 
 		 155 aa  52.8  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  23.87 
 
 		 151 aa  50.4  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  29.84 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  30.53 
 
 		 151 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  30.22 
 
 		 136 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  31.91 
 
 		 151 aa  47.8  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  30.43 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  24.83 
 
 		 155 aa  45.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  23.42 
 
 		 170 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  24.14 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  28.68 
 
 		 151 aa  45.4  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  29.46 
 
 		 150 aa  45.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  25.34 
 
 		 149 aa  44.7  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  24.32 
 
 		 156 aa  44.7  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  24.83 
 
 		 151 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  27.97 
 
 		 153 aa  43.9  0.0008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  23.03 
 
 		 148 aa  43.5  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  27.13 
 
 		 152 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  25.66 
 
 		 153 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  39.29 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  32.35 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  27.97 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  27.13 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  28.7 
 
 		 149 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  24.34 
 
 		 149 aa  40.8  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  28.7 
 
 		 153 aa  40.8  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  26.36 
 
 		 152 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  25 
 
 		 150 aa  40.4  0.009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  24.68 
 
 		 149 aa  40.4  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>