70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0112 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  100 
 
 
144 aa  292  1e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  54.01 
 
 
146 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  47.55 
 
 
151 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  33.33 
 
 
149 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  29.25 
 
 
149 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  34.88 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  29.73 
 
 
149 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  30.87 
 
 
150 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  34.85 
 
 
152 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  34.85 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  31.58 
 
 
149 aa  72.8  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  33.33 
 
 
152 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  30.77 
 
 
157 aa  70.5  0.000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  36.43 
 
 
146 aa  67.4  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  31.54 
 
 
148 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  33.06 
 
 
151 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  26.35 
 
 
151 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  30.5 
 
 
136 aa  57  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  32.43 
 
 
149 aa  55.8  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  29.45 
 
 
172 aa  55.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  31.88 
 
 
159 aa  55.1  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  31.76 
 
 
149 aa  53.9  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  26.32 
 
 
149 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  30.26 
 
 
149 aa  53.5  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  33.33 
 
 
149 aa  53.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  28.95 
 
 
155 aa  53.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  29.61 
 
 
149 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  31.94 
 
 
149 aa  53.1  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  29.61 
 
 
149 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  29.61 
 
 
149 aa  52.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  31.45 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  29.25 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  27.74 
 
 
152 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  31.16 
 
 
153 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  24.44 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  34.13 
 
 
149 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  30.61 
 
 
149 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  30.61 
 
 
149 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  30.43 
 
 
153 aa  50.8  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  28.03 
 
 
153 aa  50.4  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  34.13 
 
 
149 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  30.77 
 
 
146 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  28.76 
 
 
153 aa  48.5  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  31.39 
 
 
153 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  26.8 
 
 
150 aa  48.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  32.09 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  27.63 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  27.73 
 
 
154 aa  48.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  28.79 
 
 
155 aa  48.1  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  29.41 
 
 
151 aa  47.8  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  26.4 
 
 
150 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  27.01 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  28.03 
 
 
159 aa  46.2  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  29.8 
 
 
149 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  33.96 
 
 
153 aa  45.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  29.03 
 
 
147 aa  45.4  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  33.96 
 
 
153 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  20.97 
 
 
148 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  31.65 
 
 
156 aa  45.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  27.69 
 
 
153 aa  44.3  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  34.62 
 
 
153 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  28.48 
 
 
150 aa  44.3  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  24.66 
 
 
166 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  21.77 
 
 
154 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  23.02 
 
 
155 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4059  putative cytochrome c-like protein  29.46 
 
 
197 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  21.85 
 
 
149 aa  41.6  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3783  putative cytochrome c-like protein  29.46 
 
 
197 aa  41.6  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.550568 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  23.77 
 
 
148 aa  41.2  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2083  hypothetical protein  26.32 
 
 
145 aa  40.8  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>