55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4843 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  100 
 
 		 152 aa  311  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  96.71 
 
 		 155 aa  270  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  92.76 
 
 		 152 aa  269  9e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  76.32 
 
 		 148 aa  243  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  60.93 
 
 		 149 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  59.26 
 
 		 166 aa  152  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  51.13 
 
 		 148 aa  147  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  48.53 
 
 		 152 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  48.53 
 
 		 152 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  30.56 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  33.12 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  36.79 
 
 		 151 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  33.06 
 
 		 152 aa  72  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  34.62 
 
 		 136 aa  72  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  27.52 
 
 		 149 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  27.52 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  27.52 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  27.81 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  27.52 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  26.85 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  26.85 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  28 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  26.85 
 
 		 149 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  26.85 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  35.24 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  26.17 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  31.75 
 
 		 154 aa  63.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  36.54 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  31.85 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  23.49 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  24.84 
 
 		 153 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  29.68 
 
 		 146 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  31.73 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  31.73 
 
 		 153 aa  57  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  24.67 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  24.49 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  28.16 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  29.63 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  26.03 
 
 		 147 aa  51.2  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  30.77 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  26.92 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  24.81 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  28.85 
 
 		 153 aa  49.7  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  25.21 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  22.82 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  25.71 
 
 		 151 aa  46.6  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  27.04 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  23.23 
 
 		 157 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  27.27 
 
 		 172 aa  45.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  24.82 
 
 		 148 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  21.82 
 
 		 170 aa  42  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  25 
 
 		 149 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  28 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  27.52 
 
 		 153 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  26.61 
 
 		 153 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>