79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0600 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  100 
 
 		 150 aa  302  1.0000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  63.09 
 
 		 151 aa  174  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  63.28 
 
 		 151 aa  167  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  64.12 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  61.54 
 
 		 136 aa  164  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  58.94 
 
 		 150 aa  163  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  63.91 
 
 		 153 aa  157  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  63.16 
 
 		 153 aa  155  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  44.52 
 
 		 150 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  43.84 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  41.38 
 
 		 149 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  40 
 
 		 153 aa  106  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  41.1 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  39.33 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  38.67 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  39.33 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  39.33 
 
 		 149 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  38.67 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  38.67 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  38.67 
 
 		 149 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  42.97 
 
 		 153 aa  103  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  38.67 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  41.61 
 
 		 153 aa  100  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  41.1 
 
 		 147 aa  98.6  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  41.41 
 
 		 153 aa  96.7  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  31.33 
 
 		 153 aa  84.3  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  34.67 
 
 		 149 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  32.89 
 
 		 159 aa  76.6  0.00000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  35.25 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  36.59 
 
 		 172 aa  71.2  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  31.07 
 
 		 152 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  29.03 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  26.76 
 
 		 148 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  26.92 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  28.23 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  32.39 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  27.27 
 
 		 155 aa  63.5  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  30.87 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  32.68 
 
 		 152 aa  62.4  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  31.03 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  33.56 
 
 		 153 aa  60.8  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  33.56 
 
 		 153 aa  60.5  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  29.27 
 
 		 170 aa  60.5  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  30.52 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  26.67 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0569  cytochrome c, class II  34.88 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  32.24 
 
 		 156 aa  57  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  27.63 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  26.09 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  31.17 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  36 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  28.46 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2256  cytochrome c, class II  36 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.335708  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  30.23 
 
 		 151 aa  54.3  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  31.45 
 
 		 146 aa  53.9  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  35.2 
 
 		 149 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  26.21 
 
 		 148 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  33.33 
 
 		 159 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  31.25 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  26.17 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  30.26 
 
 		 150 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  31.13 
 
 		 144 aa  51.6  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  32.11 
 
 		 157 aa  51.2  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  27.36 
 
 		 152 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  31.91 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  30.84 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  25.2 
 
 		 154 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  29.91 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  24.65 
 
 		 166 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  32 
 
 		 159 aa  46.2  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  31.88 
 
 		 147 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  33.6 
 
 		 149 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1625  cytochrome c, class II  30.92 
 
 		 149 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.574438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  29.69 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  33.03 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  30.46 
 
 		 149 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0327  cytochrome c, class II  30.82 
 
 		 153 aa  41.6  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.781322  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4059  putative cytochrome c-like protein  27.91 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3783  putative cytochrome c-like protein  27.91 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.550568 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>