78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1062 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  100 
 
 
153 aa  308  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  71.9 
 
 
149 aa  227  4e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  71.9 
 
 
149 aa  227  5e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  71.9 
 
 
149 aa  227  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  70.59 
 
 
149 aa  226  9e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  70.59 
 
 
149 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  70.59 
 
 
149 aa  226  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  71.24 
 
 
149 aa  225  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  71.24 
 
 
149 aa  224  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  71.24 
 
 
149 aa  224  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  74.51 
 
 
153 aa  217  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  66.01 
 
 
153 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  70.59 
 
 
149 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  68.92 
 
 
147 aa  204  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  66.01 
 
 
153 aa  203  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  65.36 
 
 
149 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  46.85 
 
 
155 aa  143  9e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  41.38 
 
 
150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  41.33 
 
 
150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  41.61 
 
 
150 aa  101  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  39.37 
 
 
151 aa  100  9e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  39.73 
 
 
150 aa  98.2  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  37.93 
 
 
136 aa  96.7  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  36.6 
 
 
151 aa  96.7  9e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  41.86 
 
 
153 aa  96.3  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  41.09 
 
 
153 aa  94.7  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  35.76 
 
 
155 aa  89  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1123  cytochrome c prime  35.33 
 
 
155 aa  88.6  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  39.53 
 
 
151 aa  88.2  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  36.22 
 
 
151 aa  87.4  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  36.11 
 
 
159 aa  81.6  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  31.25 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  34.4 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  29.94 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.239177 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2126  cytochrome c, class II  35.2 
 
 
149 aa  67.4  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  34.43 
 
 
146 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3283  cytochrome c, class II  28.67 
 
 
152 aa  66.6  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00438456  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1427  cytochrome c, class II  30.67 
 
 
153 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466816  normal  0.0348813 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2785  cytochrome c-554  30.67 
 
 
153 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336484  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  30.72 
 
 
157 aa  65.1  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1106  cytochrome c, class II  29.25 
 
 
152 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00108735  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0474  cytochrome c'  34.4 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2396  cytochrome c, class II  34.65 
 
 
149 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00865436  normal  0.433653 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1163  cytochrome c, class II  30.77 
 
 
149 aa  63.5  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.678207  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  31.25 
 
 
151 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2544  cytochrome c, class II  33.87 
 
 
159 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  25.49 
 
 
153 aa  61.2  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0590  cytochrome c class II  32.26 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2868  cytochrome c  35.06 
 
 
159 aa  58.9  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  28.33 
 
 
154 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  27.5 
 
 
152 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49090  Cytochrome C, class II  32.31 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.472535  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0107  cytochrome c prime  29.49 
 
 
150 aa  52.4  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1043  cytochrome c, class II  28 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  22.86 
 
 
148 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  24.79 
 
 
148 aa  52  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1296  Cytochrome c556-like protein  24.68 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.618676  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  26.92 
 
 
152 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0972  cytochrome c prime  30.65 
 
 
146 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2229  cytochrome c, class II  27.1 
 
 
156 aa  50.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  27.2 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  27.2 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  26.92 
 
 
155 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0041  cytochrome c, class II  22.92 
 
 
151 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.417622  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  32.74 
 
 
156 aa  48.1  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  25.96 
 
 
152 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  30.3 
 
 
146 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5606  cytochrome c, class II  31.5 
 
 
149 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.325565 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  28.89 
 
 
144 aa  44.7  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  24.14 
 
 
169 aa  44.3  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0569  cytochrome c, class II  27.13 
 
 
158 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0850  cytochrome c prime  31.91 
 
 
146 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.990375 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  25.49 
 
 
147 aa  42  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1614  cytochrome c, class II  28.35 
 
 
149 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.290263  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1440  cytochrome c, class II  30.56 
 
 
150 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4420  cytochrome c, class II  20.69 
 
 
154 aa  40.4  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  27.45 
 
 
148 aa  40.4  0.009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  20 
 
 
149 aa  40  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>