49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5019 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5019  cytochrome c'  100 
 
 		 152 aa  309  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4843  cytochrome c, class II  92.76 
 
 		 152 aa  265  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.250644  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4970  cytochrome c', putative  92.76 
 
 		 155 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0495  cytochrome c prime  75.66 
 
 		 148 aa  239  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5272  cytochrome c, class II  60.26 
 
 		 149 aa  191  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.400589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03580  cytochrome C  58.52 
 
 		 166 aa  147  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0385574  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0451  cytochrome c556-like protein  51.52 
 
 		 148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.870649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07030  putative cytochrome c'  49.28 
 
 		 152 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0644  putative lipoprotein  49.28 
 
 		 152 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.773212  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1455  cytochrome c, class II  29.86 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  37.74 
 
 		 151 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0404  cytochrome c prime  36.54 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0112  cytochrome c prime  31.85 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.277441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2023  cytochrome c prime  31.45 
 
 		 152 aa  67  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0600  cytochrome c, class II  28 
 
 		 150 aa  67  0.00000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  36.19 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  26.17 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  26.17 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  26.17 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  26.17 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0242  cytochrome c, class II  31.85 
 
 		 156 aa  62  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00183316  normal  0.94125 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3015  cytochrome c, class II  31.75 
 
 		 154 aa  61.6  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.628177  normal  0.504757 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3537  cytochrome c prime  27.33 
 
 		 150 aa  61.6  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0147332 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  25.5 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  25.5 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1277  cytochrome c, class II  36.54 
 
 		 151 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.593485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  25.5 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  24.83 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  24.83 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  24.84 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  25.18 
 
 		 150 aa  57  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  31.73 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0291  cytochrome c, class II  31.73 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000294803 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  24.16 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0408  cytochrome c, class II  26.36 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1785  cytochrome c prime  29.01 
 
 		 151 aa  51.2  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.849922  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2557  cytochrome c prime  29.3 
 
 		 146 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  26.67 
 
 		 153 aa  50.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0474  cytochrome c, class II  28.16 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.731529  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2695  cytochrome c class II  26.05 
 
 		 146 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.618119  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  25.96 
 
 		 153 aa  48.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  27.88 
 
 		 153 aa  47.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  22.82 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1325  cytochrome c, class II  24.34 
 
 		 151 aa  44.7  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4496  cytochrome c prime  27.04 
 
 		 149 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.609438  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  26.45 
 
 		 172 aa  43.5  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  20.55 
 
 		 155 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06854  hypothetical protein  23.02 
 
 		 147 aa  40.8  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1236  cytochrome C-556  22 
 
 		 157 aa  40  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>