36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_334 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_334  hypothetical protein  100 
 
 		 250 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000260704  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0392  AP endonuclease  95.2 
 
 		 276 aa  494  1e-139  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000214103  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0371  endonuclease IV  92.8 
 
 		 276 aa  483  1e-135  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000053245  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2015  endonuclease IV  46.96 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2341  endonuclease IV  48.36 
 
 		 279 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.257743  normal  0.0125203 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0883  xylose isomerase domain-containing protein  46.61 
 
 		 291 aa  240  2e-62  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.32348  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3723  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.98 
 
 		 276 aa  228  8e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.761963  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0994  xylose isomerase domain-containing protein  44.31 
 
 		 273 aa  211  7.999999999999999e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.148425  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0951  xylose isomerase domain-containing protein  43.14 
 
 		 273 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1729  endonuclease IV  43.14 
 
 		 273 aa  206  4e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.702614  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1039  xylose isomerase domain-containing protein  42.06 
 
 		 276 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0978  xylose isomerase domain-containing protein  42.06 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.993013  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1335  AP endonuclease  42.4 
 
 		 272 aa  188  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000125681  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1146  AP endonuclease  42.4 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000018522  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.06 
 
 		 273 aa  185  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0144045  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1518  xylose isomerase domain-containing protein  32.14 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0729  endonuclease IV  31.62 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.769664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0997  xylose isomerase domain-containing protein  31.73 
 
 		 279 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.596977  normal  0.586532 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1925  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.1 
 
 		 288 aa  126  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0729922  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1699  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.67 
 
 		 286 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0485  xylose isomerase domain-containing protein  30.52 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0271808  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.24 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.384344  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1689  xylose isomerase domain-containing protein  31.84 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  decreased coverage  0.000000547831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0510  xylose isomerase domain-containing protein  31.69 
 
 		 283 aa  118  7.999999999999999e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0284468 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1981  xylose isomerase domain-containing protein  31.98 
 
 		 287 aa  116  3e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000324599  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1593  xylose isomerase domain-containing protein  30.86 
 
 		 276 aa  115  5e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1781  endonuclease IV  31.05 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000369589 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2669  xylose isomerase-like TIM barrel  29.56 
 
 		 315 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0145308  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0637  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.11 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2406  endonuclease IV  24.29 
 
 		 298 aa  48.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.794114  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9360  apurinic endonuclease Apn1  25.12 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.480693  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1649  endonuclease IV  22.22 
 
 		 296 aa  43.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.013206  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1615  endonuclease IV  22.22 
 
 		 296 aa  43.1  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.264651  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1235  apurinic endonuclease Apn1  32.94 
 
 		 278 aa  43.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0735  apurinic endonuclease Apn1  25.54 
 
 		 283 aa  42.4  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.320014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1331  apurinic endonuclease Apn1  21.49 
 
 		 279 aa  42.4  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464999 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>