More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0014 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0014  NusB/RsmB/TIM44  100 
 
 
526 aa  1064  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0017  sun protein  36.38 
 
 
444 aa  246  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0032  NusB/RsmB/TIM44  35.98 
 
 
507 aa  239  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2042  NusB/RsmB/TIM44  34.73 
 
 
530 aa  230  6e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2843  sun protein  33.41 
 
 
424 aa  187  4e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0018  NusB/RsmB/TIM44  30.89 
 
 
429 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1994  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  24.32 
 
 
442 aa  142  2e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1712  sun protein  23.94 
 
 
442 aa  140  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.212482  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1064  sun protein  26.64 
 
 
447 aa  135  2e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0818  sun protein  28.38 
 
 
447 aa  130  6e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0783  sun protein  25.17 
 
 
435 aa  128  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1279  sun protein  26.79 
 
 
444 aa  126  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3688  sun protein  26.46 
 
 
444 aa  125  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.66831  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3913  sun protein  26.4 
 
 
444 aa  124  5e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0159883  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0962  sun protein  30.05 
 
 
451 aa  123  7e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.316292  normal  0.597237 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3624  sun protein  26.2 
 
 
444 aa  122  1e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0232202  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1337  sun protein  26.06 
 
 
462 aa  122  1e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0524507  normal  0.361587 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  29.58 
 
 
446 aa  122  1e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3907  sun protein  26.01 
 
 
444 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3964  sun protein  26.12 
 
 
444 aa  121  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4003  sun protein  25.56 
 
 
444 aa  121  4e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0041  sun protein  28.48 
 
 
427 aa  120  4e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.15586 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3879  sun protein  25.56 
 
 
444 aa  121  4e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26957e-17 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3606  sun protein  25.56 
 
 
444 aa  121  4e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3716  sun protein  25.56 
 
 
444 aa  121  4e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0992207  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0025  sun protein  28.48 
 
 
428 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2517  sun protein  26.01 
 
 
444 aa  119  1e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  5.12112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0030  sun protein  28.69 
 
 
428 aa  119  1e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0029  sun protein  28.06 
 
 
428 aa  119  2e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.39617e-06 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0900  sun protein  29.28 
 
 
457 aa  119  2e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0080  sun protein  29.66 
 
 
436 aa  118  2e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0571  sun protein  24.22 
 
 
455 aa  118  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0809795  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  25 
 
 
444 aa  117  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0029  sun protein  28.06 
 
 
428 aa  117  7e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116562 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0022  sun protein  28.06 
 
 
429 aa  116  9e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1954  sun protein  27.07 
 
 
444 aa  113  7e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04501  Sun protein (Fmu protein)  25.58 
 
 
438 aa  113  8e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0033  sun protein  28.41 
 
 
429 aa  113  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.709945  hitchhiker  6.40703e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0022  sun protein  29.45 
 
 
427 aa  113  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04811  Sun protein (Fmu protein)  25.85 
 
 
438 aa  112  1e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1707  sun protein  26.99 
 
 
453 aa  112  1e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0425  sun protein  25.6 
 
 
438 aa  111  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0029  sun protein  27.85 
 
 
426 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0025  sun protein  28.41 
 
 
429 aa  110  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0912026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0022  sun protein  28.69 
 
 
428 aa  110  9e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3373  Sun protein  28.01 
 
 
448 aa  109  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0027  sun protein  27.53 
 
 
429 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.930823  hitchhiker  0.0023625 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1394  RNA-binding protein  26.6 
 
 
442 aa  107  5e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0030  sun protein  26.65 
 
 
428 aa  105  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0193  sun protein  27.11 
 
 
448 aa  105  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.93735e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1042  Fmu (Sun) domain protein  23.38 
 
 
406 aa  104  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1280  sun protein  25.06 
 
 
431 aa  102  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.85655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  26.65 
 
 
440 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2475  sun protein  28.09 
 
 
434 aa  102  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3738  sun protein  26.79 
 
 
427 aa  101  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223417 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0762  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  23.8 
 
 
438 aa  100  5e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.98868e-06 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00393  cytosine-C5-methylase  26.67 
 
 
427 aa  100  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1514  NusB/RsmB/TIM44  22.17 
 
 
416 aa  99.8  1e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.164457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0425  16S rRNA methyltransferase B  26.76 
 
 
429 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.53016  hitchhiker  0.000468253 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3482  16S rRNA methyltransferase B  26.76 
 
 
429 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0066221  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2231  sun protein  26.71 
 
 
468 aa  99.8  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03090  hypothetical protein  26.76 
 
 
429 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03139  16S rRNA m5C967 methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine-dependent  26.76 
 
 
429 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0425  sun protein  26.76 
 
 
429 aa  99.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3970  16S rRNA methyltransferase B  26.33 
 
 
429 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121594  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3771  16S rRNA methyltransferase B  26.53 
 
 
429 aa  99  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.075284  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4611  16S rRNA methyltransferase B  26.3 
 
 
429 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0527839  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3584  16S rRNA methyltransferase B  26.53 
 
 
429 aa  97.8  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.287379  normal  0.154829 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002055  ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  26.95 
 
 
427 aa  97.8  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.881444  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3673  16S rRNA methyltransferase B  26.3 
 
 
429 aa  97.8  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4229  sun protein  27.75 
 
 
432 aa  96.7  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.494405 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1513  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  23.08 
 
 
448 aa  95.9  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0804  sun protein  28.81 
 
 
445 aa  95.5  2e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0103148 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0591  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  27.29 
 
 
442 aa  95.9  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1575  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  39.55 
 
 
445 aa  93.6  9e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0016  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  28.45 
 
 
418 aa  92.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.398476  normal  0.248834 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1406  sun protein  24.89 
 
 
431 aa  92  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4428  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  37.97 
 
 
449 aa  92.4  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04221  Sun protein (Fmu protein)  35.96 
 
 
432 aa  92.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3791  16S rRNA methyltransferase B  25 
 
 
429 aa  90.1  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0019  Sun protein  24.63 
 
 
445 aa  89.4  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2566  Fmu (Sun) domain protein  28.67 
 
 
452 aa  89.7  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.178272  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  26.61 
 
 
450 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0728  sun protein  31.8 
 
 
449 aa  88.2  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04801  Sun protein (Fmu protein)  33.18 
 
 
448 aa  88.2  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.273951  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2620  Fmu (Sun) NOL1/Nop2p  38.24 
 
 
423 aa  87.8  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07960  tRNA/rRNA cytosine-C5-methylase  25.27 
 
 
500 aa  88.2  4e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.29477 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1711  NusB/RsmB/TIM44  24.89 
 
 
473 aa  87.8  4e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09930  sun protein  30.69 
 
 
440 aa  87.8  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1322  sun protein  28.06 
 
 
451 aa  87  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1758  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase  35.5 
 
 
438 aa  87  8e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0682  sun protein  36.2 
 
 
443 aa  85.9  1e-15  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0449767  normal  0.911889 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3668  sun protein  40.82 
 
 
452 aa  86.3  1e-15  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3433  Fmu (Sun) domain-containing protein  39.46 
 
 
424 aa  86.3  1e-15  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.593781 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1279  Fmu (Sun) domain protein  39.23 
 
 
423 aa  85.5  2e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3045  sun protein  37.57 
 
 
452 aa  84.7  3e-15  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2201  Fmu (Sun) domain protein  21.9 
 
 
437 aa  84.3  5e-15  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.256814  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0041  sun protein  26.35 
 
 
433 aa  84  7e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04881  Sun protein (Fmu protein)  31.87 
 
 
437 aa  83.6  8e-15  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.929228  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5370  Fmu (Sun) domain-containing protein  37.7 
 
 
470 aa  83.2  1e-14  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.503548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>