More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0666 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  663    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  88.96 
 
 		 312 aa  567  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  88.64 
 
 		 312 aa  567  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  88.03 
 
 		 325 aa  555  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 307 aa  526  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  78.5 
 
 		 321 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0457  transcriptional regulator, LysR family  75.48 
 
 		 314 aa  480  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  73.44 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 310 aa  454  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 301 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  65.9 
 
 		 301 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  66.23 
 
 		 301 aa  428  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 301 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 307 aa  428  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 301 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  65.57 
 
 		 301 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  64.92 
 
 		 300 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 327 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 327 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 327 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 300 aa  421  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  66.56 
 
 		 362 aa  413  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 304 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1300  transcriptional regulator, LysR family  63.87 
 
 		 309 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0123787  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1234  transcriptional regulator, LysR family  63.87 
 
 		 309 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.628194 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  64.82 
 
 		 309 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  58.03 
 
 		 300 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 303 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  45.45 
 
 		 303 aa  296  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  44.95 
 
 		 303 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1783  transcriptional regulator, LysR family  46.91 
 
 		 304 aa  293  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0476809  normal  0.294417 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2459  LysR family transcriptional regulator  47.23 
 
 		 304 aa  291  7e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.157929  normal  0.225626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 331 aa  289  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  46.89 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1397  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 303 aa  286  4e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 303 aa  285  5e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  45.93 
 
 		 302 aa  285  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  45.25 
 
 		 301 aa  285  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1814  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.841651  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5177  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1786  LysR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 303 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1877  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 321 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6202  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 321 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1900  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 303 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000669534 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2313  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.16 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 313 aa  228  9e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.44 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 313 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 313 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 316 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 324 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 316 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 317 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 310 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  37.88 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.64 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.46 
 
 		 311 aa  206  6e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>