More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0004 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  630  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  73.99 
 
 		 306 aa  459  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 305 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  62.71 
 
 		 339 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 339 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  63.76 
 
 		 305 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  63.76 
 
 		 305 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 301 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  57.38 
 
 		 305 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 308 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  57.38 
 
 		 299 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  56.07 
 
 		 305 aa  362  4e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  56.72 
 
 		 305 aa  362  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 305 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  56.07 
 
 		 305 aa  359  4e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 307 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 305 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  55.41 
 
 		 305 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  54.46 
 
 		 304 aa  343  2e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 304 aa  342  2.9999999999999997e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 305 aa  324  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 301 aa  255  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 311 aa  248  7e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  45.29 
 
 		 304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 304 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 302 aa  211  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 302 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 312 aa  199  7e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  37.03 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 300 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1171  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 309 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 297 aa  112  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2639  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  31.15 
 
 		 288 aa  108  8.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.15 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.85 
 
 		 301 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.419671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2653  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 282 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>