86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0042 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 91 bp  133  7.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 92 bp  79.8  0.0000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.020254  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    86.67 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2165  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00542927  normal  0.154256 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2218  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00379666  normal  0.543792 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0043  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0020807  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000000399504  normal  0.588063 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  82.95 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0022  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  85 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  82.67 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.686612  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  83.87 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 95 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>