50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_R0010 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  98.86 
 
 		 88 bp  167  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  98.78 
 
 		 88 bp  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0039  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000202964  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>