44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0039 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  94.32 
 
 		 88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  127  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  93.9 
 
 		 88 bp  123  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  89.19 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.020254  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0020  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  90.2 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0022  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.587921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>