More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1898 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1898  ribosome recycling factor  100 
 
 		 184 aa  368  1e-101  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0633541  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0575  ribosome recycling factor  64.17 
 
 		 187 aa  255  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04050  ribosome recycling factor  67.57 
 
 		 185 aa  253  1.0000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.647484  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2999  ribosome recycling factor  54.05 
 
 		 186 aa  207  5e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0578  ribosome recycling factor (ribosome releasing factor)  52.97 
 
 		 186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_002950  PG1901  ribosome recycling factor  51.35 
 
 		 186 aa  196  1.0000000000000001e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.782843 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0389  ribosome recycling factor  49.73 
 
 		 187 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0303033 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1351  hypothetical protein  51.35 
 
 		 186 aa  187  1e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0116  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 187 aa  186  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  47.31 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 184 aa  186  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2387  ribosome recycling factor  48.65 
 
 		 186 aa  185  3e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.164667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 184 aa  182  3e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  47.51 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  49.13 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  177  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  46.03 
 
 		 187 aa  177  7e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  46.7 
 
 		 186 aa  177  8e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  45.86 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  45.45 
 
 		 192 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  46.63 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  48.62 
 
 		 186 aa  174  8e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  46.82 
 
 		 186 aa  174  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  47.4 
 
 		 186 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  47.4 
 
 		 186 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  47.4 
 
 		 186 aa  174  9e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  44.02 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  41.85 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  44.02 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  45.05 
 
 		 185 aa  173  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 186 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2602  ribosome recycling factor  46.96 
 
 		 189 aa  172  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  48.09 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  46.33 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0285  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 185 aa  171  5e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0259  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  47.98 
 
 		 184 aa  171  6.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  43.48 
 
 		 185 aa  170  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  42.39 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1537  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  169  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.874625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1346  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000999324  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  42.62 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  47.25 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1046  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 183 aa  170  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.197511  normal  0.0713595 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0341  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0418227  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  46.24 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2111  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.274571  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0232  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 185 aa  169  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2545  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 196 aa  170  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1783  ribosome recycling factor  45.76 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00108157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  43.65 
 
 		 186 aa  169  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  46.11 
 
 		 184 aa  168  4e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0305  ribosome recycling factor  47.25 
 
 		 187 aa  168  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.422351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  44.75 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 186 aa  168  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  45.09 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  48.55 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0361  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 185 aa  167  6e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.000245194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 185 aa  167  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1745  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 198 aa  167  7e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 186 aa  167  7e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  167  7e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  45.66 
 
 		 186 aa  167  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  167  8e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  45.6 
 
 		 184 aa  167  9e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  44.02 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2973  ribosome recycling factor  43.93 
 
 		 185 aa  166  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  46.7 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10920  ribosome recycling factor  43.72 
 
 		 186 aa  166  2e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0728725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  45.09 
 
 		 186 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  46.7 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  41.3 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  46.7 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1508  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0216  ribosome recycling factor  45.66 
 
 		 185 aa  166  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>