More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1992 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  100 
 
 		 186 aa  378  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1826  ribosome recycling factor  79.03 
 
 		 186 aa  313  9.999999999999999e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1226  ribosome recycling factor  78.49 
 
 		 186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.125254  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2582  ribosome recycling factor  78.49 
 
 		 186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.336075  normal  0.0361828 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  75.81 
 
 		 186 aa  306  1.0000000000000001e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  76.88 
 
 		 186 aa  303  6e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  76.34 
 
 		 186 aa  301  4.0000000000000003e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2602  ribosome recycling factor  75.68 
 
 		 189 aa  300  6.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  74.19 
 
 		 186 aa  296  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  67.2 
 
 		 186 aa  265  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  68.28 
 
 		 186 aa  266  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  67.2 
 
 		 186 aa  265  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  67.2 
 
 		 186 aa  265  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  66.67 
 
 		 186 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  66.67 
 
 		 186 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  67.2 
 
 		 186 aa  264  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  67.74 
 
 		 186 aa  264  5e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  261  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1976  ribosome recycling factor  67.2 
 
 		 186 aa  260  8.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0955011 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  65.59 
 
 		 186 aa  259  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  66.13 
 
 		 186 aa  258  2e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  65.59 
 
 		 186 aa  257  6e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  64.52 
 
 		 186 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  63.98 
 
 		 186 aa  251  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  62.37 
 
 		 186 aa  250  7e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  63.44 
 
 		 186 aa  247  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2175  ribosome recycling factor  61.41 
 
 		 185 aa  243  9e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.356532  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  61.83 
 
 		 186 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  62.37 
 
 		 186 aa  242  3e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  61.29 
 
 		 186 aa  242  3e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1745  ribosome recycling factor  60.33 
 
 		 198 aa  241  5e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  59.68 
 
 		 186 aa  236  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  59.78 
 
 		 185 aa  232  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  57.3 
 
 		 189 aa  229  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  59.24 
 
 		 185 aa  224  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  56.99 
 
 		 185 aa  221  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  58.01 
 
 		 185 aa  221  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1451  ribosome recycling factor  58.15 
 
 		 185 aa  214  8e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166496  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1676  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1670  ribosome recycling factor  55.98 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  53.26 
 
 		 185 aa  207  6e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  53.8 
 
 		 185 aa  206  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  52.2 
 
 		 185 aa  204  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  52.72 
 
 		 185 aa  203  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3162  ribosome recycling factor  50.55 
 
 		 185 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0860569  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0944  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  201  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0811  ribosome recycling factor  50 
 
 		 187 aa  200  8e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.415251  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3158  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000691666  normal  0.144971 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  52.17 
 
 		 185 aa  200  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2978  ribosome recycling factor  50.55 
 
 		 185 aa  200  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  48.9 
 
 		 185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2594  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 187 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00709219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3357  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 185 aa  198  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.229017  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0566  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  197  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.395524  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0611  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  197  7e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0710  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  197  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0332878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1069  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00702897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3432  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000874312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1016  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000122168  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1163  ribosome recycling factor  55.38 
 
 		 186 aa  194  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1447  ribosome recycling factor  55.38 
 
 		 186 aa  194  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.935266  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3278  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  194  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000213543  hitchhiker  0.000283754 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1542  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 185 aa  194  6e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  50 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1275  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  194  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00110727  normal  0.535196 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2812  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000100926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0241  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.331553 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0241  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.743934 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0257  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.585226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0259  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00118776  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2638  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000456907  normal  0.10147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2705  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000841959  hitchhiker  0.00246061 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1860  ribosome recycling factor  50.54 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.747676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0244  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1556  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188026  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01128  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291437  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  50 
 
 		 186 aa  191  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00170  ribosome releasing factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148385  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3431  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510427  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0174  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00802553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00169  hypothetical protein  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0183  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0176  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000066149  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0165  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000948857  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000751677  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3488  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00730416  normal  0.367592 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0182  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000723298  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1632  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2545  ribosome recycling factor  51.76 
 
 		 196 aa  189  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1351  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000717676  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  52.6 
 
 		 185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>