More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0002 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_0002  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  650    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  63.58 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08961  transcriptional regulator, LysR family protein  61.81 
 
 		 312 aa  416  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2450  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 311 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6511  transcriptional regulator, LysR family  45.89 
 
 		 315 aa  271  9e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  0.0531961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0650  transcriptional regulator, LysR family  44.18 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.344002 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4220  LysR substrate-binding  45.82 
 
 		 310 aa  261  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.829195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3761  redox-sensitive transcriptional activator OxyR  39.8 
 
 		 314 aa  243  3e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5655  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  41.46 
 
 		 315 aa  231  9e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 319 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 319 aa  206  3e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 319 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.41 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.41 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.41 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.41 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 318 aa  202  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.74 
 
 		 319 aa  202  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 313 aa  201  9e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 316 aa  202  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.08 
 
 		 319 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  35.08 
 
 		 319 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  35.08 
 
 		 319 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 319 aa  199  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 315 aa  199  7e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  34.11 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  36.2 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4028  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 323 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0953  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 315 aa  193  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 319 aa  193  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 311 aa  192  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.32 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  189  4e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 321 aa  190  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0020  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 330 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.82 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 321 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  36.49 
 
 		 311 aa  185  9e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4389  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.11 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 308 aa  182  6e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.45 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.45 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.45 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.45 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.45 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0472  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 331 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.02 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.78 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 322 aa  178  8e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0324  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0489134 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  34.34 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.56 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 318 aa  176  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 306 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.09 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.7 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.7 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  33.7 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.67 
 
 		 305 aa  175  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  35.51 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  33.45 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.99 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  33.33 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>