More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0085 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0085  L-serine dehydratase  100 
 
 
455 aa  941  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1615  L-serine ammonia-lyase  75.94 
 
 
454 aa  706  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.746998  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1796  L-serine ammonia-lyase  75.72 
 
 
454 aa  704  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1984  L-serine ammonia-lyase  75.72 
 
 
454 aa  710  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  47.81 
 
 
458 aa  417  1e-115  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  46.48 
 
 
454 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  46.48 
 
 
456 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  46.48 
 
 
454 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  46.48 
 
 
454 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  46.46 
 
 
476 aa  412  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  46.48 
 
 
454 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  46.48 
 
 
454 aa  411  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  45.49 
 
 
454 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1077  L-serine dehydratase  46.24 
 
 
458 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  46.48 
 
 
454 aa  411  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  45.26 
 
 
455 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  46.19 
 
 
454 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  46.48 
 
 
456 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0591  L-serine dehydratase 1  46.27 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  45.2 
 
 
454 aa  410  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  45.49 
 
 
454 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000749  L-serine dehydratase  45.8 
 
 
456 aa  410  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360037  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  45.26 
 
 
455 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  45.26 
 
 
455 aa  408  1e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  44.88 
 
 
455 aa  405  1e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  44.76 
 
 
454 aa  405  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  45.26 
 
 
455 aa  408  1e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  44.98 
 
 
454 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  45.26 
 
 
455 aa  408  1e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  44.76 
 
 
454 aa  405  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  45.27 
 
 
454 aa  405  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  43.54 
 
 
454 aa  408  1e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  45.26 
 
 
455 aa  405  1e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  45.26 
 
 
455 aa  407  1e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  46.24 
 
 
456 aa  407  1e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  44.76 
 
 
454 aa  405  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  45.26 
 
 
455 aa  407  1e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  45.26 
 
 
455 aa  408  1e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  44.84 
 
 
454 aa  403  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  44.37 
 
 
456 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  47.93 
 
 
462 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  44.54 
 
 
454 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  44.54 
 
 
454 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  44.76 
 
 
454 aa  404  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  44.08 
 
 
461 aa  399  1e-110  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0772  L-serine dehydratase 1  44.81 
 
 
455 aa  399  1e-110  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3250  L-serine dehydratase 1  44.61 
 
 
455 aa  399  1e-110  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.648772  normal  0.619841 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  44.59 
 
 
454 aa  401  1e-110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  44.59 
 
 
454 aa  399  1e-110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  45.63 
 
 
468 aa  400  1e-110  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  46.64 
 
 
462 aa  400  1e-110  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  46.54 
 
 
463 aa  399  1e-110  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  45.63 
 
 
460 aa  400  1e-110  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  46.42 
 
 
463 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3294  L-serine ammonia-lyase  45.26 
 
 
455 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.437484  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  44.62 
 
 
453 aa  396  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.89103e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04817  L-serine deaminase  44.25 
 
 
456 aa  397  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3114  L-serine ammonia-lyase  45.26 
 
 
455 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.6475  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3256  L-serine dehydratase 1  45.58 
 
 
456 aa  398  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  44.37 
 
 
454 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3131  L-serine ammonia-lyase  45.26 
 
 
455 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  44.37 
 
 
454 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3179  L-serine ammonia-lyase  45.26 
 
 
455 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.434034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3194  L-serine ammonia-lyase  45.26 
 
 
455 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500891  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  46.75 
 
 
462 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  44.59 
 
 
454 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  44.9 
 
 
464 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  43.79 
 
 
499 aa  393  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  44.98 
 
 
453 aa  392  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  44.59 
 
 
450 aa  393  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  44.21 
 
 
472 aa  394  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  44.1 
 
 
453 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  42.92 
 
 
456 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  45.05 
 
 
455 aa  389  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0740  L-serine dehydratase 1  43.29 
 
 
455 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1629  L-serine dehydratase 1  43.91 
 
 
455 aa  389  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.815804  hitchhiker  0.00237889 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  42.45 
 
 
453 aa  391  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  44.32 
 
 
453 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  44.76 
 
 
458 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  44.98 
 
 
458 aa  391  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  44.76 
 
 
458 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  44.76 
 
 
458 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  44.76 
 
 
458 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  44.76 
 
 
458 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  43.74 
 
 
457 aa  387  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  44.54 
 
 
458 aa  388  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  44.08 
 
 
457 aa  388  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  44.54 
 
 
462 aa  385  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  44.76 
 
 
462 aa  387  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  43.23 
 
 
453 aa  387  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  44.54 
 
 
458 aa  385  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4132  L-serine dehydratase 1  46.59 
 
 
460 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.465086  normal  0.630404 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  44.88 
 
 
458 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>