More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1599 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 
301 aa  600  1.0000000000000001e-171  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  51.61 
 
 
306 aa  323  2e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  53.79 
 
 
292 aa  319  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  53.45 
 
 
292 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  61.25 
 
 
307 aa  317  2e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  51.83 
 
 
294 aa  316  4e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  51.43 
 
 
315 aa  314  9e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  56.3 
 
 
292 aa  311  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  52.6 
 
 
299 aa  301  9e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  52.58 
 
 
294 aa  300  1e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  52.58 
 
 
294 aa  300  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  52.58 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  52.58 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  52.58 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  52.58 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  52.58 
 
 
296 aa  300  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  52.58 
 
 
296 aa  299  4e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  51.85 
 
 
292 aa  298  5e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  52.23 
 
 
296 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  52.23 
 
 
296 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  52.23 
 
 
296 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  52.23 
 
 
296 aa  298  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  52.23 
 
 
296 aa  297  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.17 
 
 
311 aa  296  3e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  50.99 
 
 
296 aa  295  7e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  52.92 
 
 
296 aa  292  5e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  51.46 
 
 
295 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  51.46 
 
 
295 aa  288  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  48.01 
 
 
296 aa  280  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  47.35 
 
 
296 aa  280  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  52.54 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  50 
 
 
308 aa  265  5e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.76 
 
 
308 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  47.76 
 
 
307 aa  265  5.999999999999999e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.44 
 
 
308 aa  263  2e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.44 
 
 
308 aa  264  2e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.44 
 
 
308 aa  263  4e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  46.47 
 
 
307 aa  261  6.999999999999999e-69  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.98 
 
 
316 aa  261  8.999999999999999e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  47.62 
 
 
289 aa  255  7e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  47.76 
 
 
308 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.76 
 
 
308 aa  250  2e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  47.76 
 
 
308 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.76 
 
 
308 aa  250  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  47.44 
 
 
308 aa  249  6e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.13 
 
 
311 aa  246  3e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  45.96 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  42.65 
 
 
322 aa  232  4.0000000000000004e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  45.49 
 
 
321 aa  227  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  44.41 
 
 
312 aa  223  4e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  40.26 
 
 
324 aa  218  1e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  38 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  36.27 
 
 
316 aa  183  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.38 
 
 
310 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.74 
 
 
320 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.43 
 
 
308 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.67 
 
 
330 aa  154  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.64 
 
 
328 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.27 
 
 
333 aa  152  7e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  33.22 
 
 
311 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  33.22 
 
 
311 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  33.22 
 
 
311 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  33.22 
 
 
311 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3541  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
313 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.16 
 
 
339 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  34.16 
 
 
339 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  32.87 
 
 
313 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  35.15 
 
 
300 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4740  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.54 
 
 
327 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00130889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.93 
 
 
306 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.78 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1581  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.38 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0249545  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.49 
 
 
318 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6223  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.89 
 
 
325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.945898  normal  0.500437 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4851  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.65 
 
 
295 aa  132  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.994176 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.91 
 
 
313 aa  132  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.77 
 
 
326 aa  132  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.4 
 
 
313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  34.42 
 
 
306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  29.55 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1337  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 
312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.81 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
335 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4908  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.05 
 
 
320 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 
312 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1874  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  30.68 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433268 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.35 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  30.99 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2973  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.68 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3045  monosaccharide-transporting ATPase  30.68 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4769  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.79 
 
 
296 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.674163  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.52 
 
 
312 aa  126  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 
317 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  28.83 
 
 
309 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.73 
 
 
301 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.47 
 
 
309 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.8 
 
 
329 aa  121  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4229  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.76 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.33 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0273  RbsB protein  33.83 
 
 
364 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>