More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1390 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
322 aa  652  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  91.03 
 
 
313 aa  577  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  87.17 
 
 
305 aa  520  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  88.41 
 
 
305 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.36 
 
 
305 aa  263  2e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
304 aa  242  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 
306 aa  240  3e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.53 
 
 
299 aa  238  9e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 
300 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
303 aa  236  5e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 
299 aa  234  1e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  42.48 
 
 
302 aa  234  2e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  46.18 
 
 
305 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
303 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
299 aa  232  6e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
305 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
322 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.94 
 
 
303 aa  231  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
303 aa  231  2e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  37.54 
 
 
301 aa  230  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 
298 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.54 
 
 
300 aa  228  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.56 
 
 
309 aa  227  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.54 
 
 
297 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 
313 aa  228  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
297 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
302 aa  226  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
335 aa  225  9e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
295 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  43.29 
 
 
297 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
307 aa  223  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 
307 aa  223  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
299 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  40.8 
 
 
300 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
301 aa  222  5e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
306 aa  223  5e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  43.61 
 
 
305 aa  222  8e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 
301 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
301 aa  221  1e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.69 
 
 
307 aa  221  1e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
304 aa  219  4e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.12474e-05  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 
300 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.09 
 
 
302 aa  219  6e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
299 aa  219  7e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
299 aa  218  8e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
299 aa  218  8e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
304 aa  218  8e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
295 aa  218  9e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 
307 aa  218  9e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
295 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
300 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  40.58 
 
 
309 aa  218  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
299 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.19 
 
 
302 aa  218  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  40 
 
 
299 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
302 aa  217  3e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
362 aa  216  3e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
316 aa  216  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 
303 aa  216  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
298 aa  215  7e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  214  1e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
302 aa  214  2e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
305 aa  213  2e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
297 aa  214  2e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  40.26 
 
 
302 aa  213  3e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
301 aa  213  3e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
305 aa  213  3e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
303 aa  213  3e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  40.26 
 
 
302 aa  213  3e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
305 aa  213  3e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 
302 aa  213  3e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.36 
 
 
293 aa  213  3e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.86 
 
 
302 aa  213  4e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
351 aa  213  4e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 
367 aa  213  4e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
312 aa  213  5e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
302 aa  212  5e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 
367 aa  213  5e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
303 aa  212  6e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 
327 aa  212  6e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 
294 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
294 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
313 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
349 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
301 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
349 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
349 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
303 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  40.2 
 
 
298 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 
301 aa  211  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
349 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>