83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4939 on replicon NC_007949
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007949  Bpro_4939  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 387 aa  779    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5730  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein  47.8 
 
 		 368 aa  319  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1304  chain length determinant protein  42.74 
 
 		 360 aa  286  5e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0622  capsular polysaccharide ABC transporter  35.06 
 
 		 367 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.22942 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1780  capsular polysaccharide ABC transporter  31.91 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3220  polysialic acid capsule export inner-membrane protein KpsE  29.95 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02815  Capsule polysaccharide export inner-membrane protein kpsE  29.68 
 
 		 378 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000139035  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02765  hypothetical protein  29.68 
 
 		 382 aa  182  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000109995  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1619  capsular polysaccharide ABC transporter  30.17 
 
 		 372 aa  176  9e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1439  capsular polysaccharide ABC transporter  30.17 
 
 		 372 aa  176  9e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0292  capsular polysaccharide export inner-membrane protein KpsE  30.09 
 
 		 371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3904  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29 
 
 		 368 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.122006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.19 
 
 		 373 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5953  capsule polysaccharide export protein-like protein  29.86 
 
 		 383 aa  155  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03061  putative capsule polysaccharide export system inner membrane protein  26.52 
 
 		 372 aa  155  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.244553  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3238  lipopolysaccharide biosynthesis  28.08 
 
 		 483 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2583  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.12 
 
 		 436 aa  143  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000174654 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001782  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.68 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2756  capsule polysaccharide export protein-like  26.84 
 
 		 400 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.415519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3288  capsule polysaccharide exporter  26.6 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3300  WcbD  26.2 
 
 		 465 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0873208  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3253  capsule polysaccharide exporter  26.6 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.51682  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2184  capsule polysaccharide exporter  26.6 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1077  capsule polysaccharide exporter  26.6 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.112896  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0522  capsule polysaccharide exporter  26.6 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.122363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0778  lipopolysaccharide biosynthesis  27.09 
 
 		 382 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0295  lipopolysaccharide biosynthesis  27.09 
 
 		 382 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1507  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.36 
 
 		 369 aa  123  5e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1522  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.26 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4014  capsule polysaccharide export-like protein  24.8 
 
 		 387 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1337  WcbD  28.46 
 
 		 388 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2574  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.2 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2961  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  26.2 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5579  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.2 
 
 		 413 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.906457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2721  capsule polysaccharide export protein-like protein  27.86 
 
 		 411 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0713  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  25 
 
 		 415 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0967501  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2346  lipopolysaccharide biosynthesis  23.55 
 
 		 399 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0746  capsule polysaccharide export inner-membrane protein  25.61 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4871  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.03 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1150  WcbD  28.04 
 
 		 388 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0184519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2722  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.35 
 
 		 432 aa  100  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2082  capsule polysaccharide export-like protein  26.1 
 
 		 407 aa  100  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0747  WcbD  28.17 
 
 		 390 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4076  capsule polysaccharide export protein  27.17 
 
 		 491 aa  97.8  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.054878 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4996  capsule polysaccharide export protein-like protein  25.82 
 
 		 443 aa  97.4  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0773002 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4085  capsule polysaccharide export protein-like  22.79 
 
 		 379 aa  93.6  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.387523  normal  0.315996 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1852  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.67 
 
 		 433 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.231076  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0775  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.87 
 
 		 414 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.069247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0722  putative capsule polysaccharide export ABC transporter transmembrane protein  26.61 
 
 		 385 aa  92.4  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5038  capsule polysaccharide export protein-like  22.54 
 
 		 413 aa  92.4  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3838  capsule polysaccharide export protein  22.82 
 
 		 611 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0816  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.87 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.671336  normal  0.554502 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3869  capsule polysaccharide export protein-like  20.45 
 
 		 380 aa  89.7  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2126  capsule polysaccharide export protein-like  22.54 
 
 		 652 aa  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0654  capsule polysaccharide export protein-like  25.21 
 
 		 585 aa  89  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1658  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.76 
 
 		 413 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0737  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.65 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.815618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0711  Capsule polysaccharide export protein  22.13 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1234  capsule polysaccharide export protein-like  22.1 
 
 		 579 aa  84  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0195673  normal  0.85548 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2037  polysaccharide ABC transporter  24.11 
 
 		 402 aa  83.2  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.126428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2087  capsule polysaccharide export protein-like protein  22.26 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18684 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3812  capsule polysaccharide export protein-like protein  21.99 
 
 		 416 aa  82  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.879511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2731  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.82 
 
 		 394 aa  79.7  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5053  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.74 
 
 		 436 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.522241 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3997  hypothetical protein  22.83 
 
 		 492 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.740683  normal  0.827295 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0632  polysaccharide ABC transporter  23.3 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0379195  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0662  putative capsule polysaccharide export inner-membrane protein CtrB  23.51 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0904257  normal  0.0442626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0435  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.28 
 
 		 413 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00121431 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3817  capsule polysaccharide export protein-like protein  26.34 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.141093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2049  capsule polysaccharide export protein-like protein  21.91 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3657  capsule polysaccharide export protein-like  23.37 
 
 		 590 aa  72.8  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.219479  normal  0.476279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6013  capsule polysaccharide export protein-like protein  23.32 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3819  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.35 
 
 		 442 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.670333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  23.98 
 
 		 753 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  23.32 
 
 		 388 aa  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  24 
 
 		 747 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  18.64 
 
 		 408 aa  47  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0611  protein-tyrosine kinase  26.81 
 
 		 753 aa  46.2  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.164924 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2472  exopolysaccharide transport protein family  23.44 
 
 		 741 aa  44.3  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.342499  normal  0.203654 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5368  exopolysaccharide transporter  23.28 
 
 		 747 aa  44.3  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2533  protein-tyrosine kinase  22.88 
 
 		 802 aa  43.5  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.152743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4243  exopolysaccharide transport protein family  25.9 
 
 		 757 aa  43.1  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156652 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0945  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.71 
 
 		 625 aa  43.1  0.008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>