More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6676 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  620  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  91.06 
 
 		 328 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  89.74 
 
 		 329 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  73.06 
 
 		 302 aa  442  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  70 
 
 		 300 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  70 
 
 		 300 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  65.9 
 
 		 307 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  65.47 
 
 		 303 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  64.57 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  50.35 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 307 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 309 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 304 aa  208  9e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  30.87 
 
 		 331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 329 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.76 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 619 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.54 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 345 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 316 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 316 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 324 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 320 aa  119  9e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 328 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 333 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 320 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.16 
 
 		 323 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.89 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.1 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 327 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  28.86 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 317 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 292 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  29.31 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.59 
 
 		 307 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.64 
 
 		 295 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.99 
 
 		 313 aa  105  9e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.02 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.45 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.57 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>