More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4822 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  100 
 
 		 331 aa  666    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  59.03 
 
 		 324 aa  358  8e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 325 aa  345  8e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 316 aa  215  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 316 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  35.28 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  33.43 
 
 		 341 aa  185  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 332 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 328 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 306 aa  179  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 310 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 306 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 310 aa  170  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  34.64 
 
 		 300 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  35.1 
 
 		 299 aa  169  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  34.42 
 
 		 319 aa  165  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 316 aa  162  8.000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  35.82 
 
 		 320 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 329 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 345 aa  159  9e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 324 aa  155  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 329 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 327 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.41 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.13 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 308 aa  142  7e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  33.33 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  32.59 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  33.33 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.08 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.94 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.93 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.93 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.93 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.93 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>