More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0008 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5333  DNA gyrase, B subunit  70.34 
 
 
808 aa  1127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.248882  normal  0.0644472 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3355  DNA gyrase subunit B  65.71 
 
 
805 aa  1027  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.784759 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0095  DNA gyrase, B subunit  46.02 
 
 
814 aa  668  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0142901  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0004  DNA gyrase, B subunit  54.49 
 
 
813 aa  812  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.821769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0035  DNA gyrase subunit B  55.62 
 
 
804 aa  828  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.373833  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0009  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  54.55 
 
 
813 aa  809  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.983538  hitchhiker  7.05515e-09 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1850  DNA gyrase subunit B  47.68 
 
 
769 aa  683  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4209  DNA gyrase subunit B  55.23 
 
 
804 aa  834  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00242077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3912  DNA gyrase subunit B  55.23 
 
 
804 aa  834  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.139583  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00445  DNA gyrase subunit B  54.33 
 
 
805 aa  806  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0005  DNA gyrase subunit B  52.3 
 
 
810 aa  749  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.124529  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1873  DNA gyrase, B subunit  71.13 
 
 
813 aa  1119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0007  DNA gyrase, B subunit  69.08 
 
 
814 aa  1091  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.27648e-15 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0004  DNA gyrase, B subunit  53.69 
 
 
805 aa  796  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.801274  hitchhiker  0.00617019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0003  DNA gyrase, B subunit  48.97 
 
 
859 aa  715  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.202279  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0003  DNA gyrase subunit B  52.67 
 
 
824 aa  790  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326353  hitchhiker  0.000981669 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0003  DNA gyrase subunit B  51.82 
 
 
824 aa  775  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0004  DNA gyrase, B subunit  54.3 
 
 
805 aa  799  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.545421  hitchhiker  3.87143e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0319  DNA gyrase, B subunit  70.11 
 
 
814 aa  1148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0004  DNA gyrase subunit B  53.39 
 
 
806 aa  792  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.727488  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4064  DNA gyrase subunit B  55.23 
 
 
804 aa  833  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0861092  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0004  DNA gyrase subunit B  55.23 
 
 
804 aa  834  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.873229  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0004  DNA gyrase subunit B  55.05 
 
 
804 aa  815  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0157  DNA gyrase subunit B  63.09 
 
 
830 aa  999  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374605  normal  0.0722836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0006  DNA gyrase subunit B  53.64 
 
 
806 aa  795  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2577  DNA gyrase, B subunit  68.69 
 
 
815 aa  1102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0788764  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4174  DNA gyrase subunit B  55.05 
 
 
804 aa  815  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.274174  normal  0.0336166 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0005  DNA gyrase, B subunit  52.3 
 
 
808 aa  749  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.24797e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2054  DNA gyrase subunit B  45.94 
 
 
770 aa  660  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0004  DNA gyrase subunit B  46.21 
 
 
768 aa  655  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0782517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4150  DNA gyrase subunit B  55.05 
 
 
804 aa  815  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128391  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0004  DNA gyrase subunit B  54.16 
 
 
806 aa  798  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0004  DNA gyrase, B subunit  53.82 
 
 
805 aa  795  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195183  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0004  DNA gyrase subunit B  55.43 
 
 
804 aa  831  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.083955  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0006  DNA gyrase subunit B  65.67 
 
 
811 aa  1022  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  3.11968e-05 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0003  DNA gyrase, B subunit  51.25 
 
 
832 aa  773  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0004  DNA gyrase, B subunit  54.56 
 
 
805 aa  798  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.279894  hitchhiker  7.31139e-05 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0003  DNA gyrase subunit B  53 
 
 
822 aa  791  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0101  DNA gyrase subunit B  53 
 
 
822 aa  791  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0087  DNA gyrase subunit B  53 
 
 
822 aa  791  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0004  DNA gyrase, B subunit  53.82 
 
 
805 aa  797  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0015  DNA gyrase subunit B  65.67 
 
 
811 aa  1021  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2235  DNA gyrase subunit B  53 
 
 
822 aa  791  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2504  DNA gyrase subunit B  55.3 
 
 
805 aa  823  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.892795  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  50.55 
 
 
794 aa  743  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2886  DNA gyrase, B subunit  58.82 
 
 
812 aa  937  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0003  DNA gyrase subunit B  47.22 
 
 
769 aa  697  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0004  DNA gyrase, B subunit  47.77 
 
 
795 aa  682  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.904157 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0139  DNA gyrase subunit B  70.16 
 
 
807 aa  1118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837084  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0004  DNA gyrase, B subunit  53.69 
 
 
805 aa  796  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.986187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0004  DNA gyrase subunit B  54.55 
 
 
806 aa  816  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0004  DNA gyrase, B subunit  52.93 
 
 
807 aa  781  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0620606  hitchhiker  2.88479e-10 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3220  DNA gyrase subunit B  68.32 
 
 
811 aa  1095  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0005  DNA gyrase, B subunit  48.72 
 
 
884 aa  764  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000126845  hitchhiker  3.17646e-08 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0004  DNA gyrase subunit B  53.88 
 
 
806 aa  796  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.045671  normal  0.178752 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2802  DNA gyrase subunit B  61.4 
 
 
826 aa  971  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0885593 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0121  DNA gyrase subunit B  70.16 
 
 
810 aa  1123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.853058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0008  DNA gyrase subunit B  100 
 
 
812 aa  1659  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0003  DNA gyrase subunit B  50.85 
 
 
851 aa  729  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0004  DNA gyrase, B subunit  54.81 
 
 
810 aa  810  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0003  DNA gyrase subunit B  46.65 
 
 
772 aa  693  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0003  DNA gyrase, B subunit  49.66 
 
 
868 aa  735  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0013  DNA gyrase subunit B  70.1 
 
 
811 aa  1128  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0004  DNA gyrase, B subunit  55.53 
 
 
807 aa  811  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5854  DNA gyrase, B subunit  70.71 
 
 
808 aa  1134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0004  DNA gyrase, B subunit  47.46 
 
 
795 aa  676  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0005  DNA gyrase, B subunit  47.72 
 
 
801 aa  684  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2083  DNA gyrase, B subunit  47.54 
 
 
798 aa  676  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0003  DNA gyrase, B subunit  54.22 
 
 
800 aa  797  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2800  DNA gyrase, B subunit  68.81 
 
 
815 aa  1103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376674  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1905  DNA gyrase, B subunit  71.32 
 
 
821 aa  1158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.222448 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0004  DNA gyrase, B subunit  53.69 
 
 
805 aa  796  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.405147  hitchhiker  3.01601e-09 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00040  DNA gyrase subunit B  54.3 
 
 
806 aa  800  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0003  DNA gyrase, B subunit  56.53 
 
 
874 aa  640  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202809  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4272  DNA gyrase subunit B  69.32 
 
 
811 aa  1105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.540261 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0005  DNA gyrase, B subunit  47.06 
 
 
770 aa  675  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.19711  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002006  DNA gyrase subunit B  54.46 
 
 
805 aa  812  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.132236  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0004  DNA gyrase, B subunit  50.24 
 
 
821 aa  729  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0004  DNA gyrase, B subunit  53.19 
 
 
817 aa  797  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.127407  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0004  DNA gyrase subunit B  55.8 
 
 
805 aa  827  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3095  DNA gyrase, B subunit  46.74 
 
 
803 aa  665  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0405  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  58.19 
 
 
796 aa  654  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0004  DNA gyrase subunit B  55.25 
 
 
805 aa  825  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.777143  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0004  DNA gyrase subunit B  55.67 
 
 
803 aa  833  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03526  hypothetical protein  55.23 
 
 
804 aa  834  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0004  DNA gyrase subunit B  56.01 
 
 
803 aa  841  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.428577  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0003  DNA gyrase subunit B  51.7 
 
 
842 aa  779  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267231  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0003  DNA gyrase subunit B  49.65 
 
 
833 aa  741  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3946  DNA gyrase subunit B  69.32 
 
 
811 aa  1108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.273076  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0004  DNA gyrase, B subunit  59.13 
 
 
818 aa  905  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215685  normal  0.853499 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2509  DNA gyrase, B subunit  69.31 
 
 
815 aa  1108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.684538 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03480  DNA gyrase subunit B  53.59 
 
 
814 aa  765  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0003  DNA gyrase subunit B  51.7 
 
 
842 aa  779  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0003  DNA gyrase subunit B  52.24 
 
 
823 aa  789  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0806649  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4226  DNA gyrase subunit B  55.23 
 
 
804 aa  833  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.765134  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0005  DNA gyrase, B subunit  45.83 
 
 
825 aa  681  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  1.46448e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0003  DNA gyrase subunit B  52.18 
 
 
823 aa  787  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211892  hitchhiker  0.00365115 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0819  DNA gyrase, B subunit  69.74 
 
 
817 aa  1110  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.829459  normal  0.98352 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0005  DNA gyrase subunit B  52.38 
 
 
814 aa  758  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0003  DNA gyrase subunit B  52.18 
 
 
824 aa  780  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.538686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>