128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6184 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6184  portal protein  100 
 
 		 414 aa  855    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  45.06 
 
 		 429 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  43.98 
 
 		 420 aa  304  2.0000000000000002e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  44.5 
 
 		 460 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  32.77 
 
 		 424 aa  199  6e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  33.43 
 
 		 384 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  34.2 
 
 		 412 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  33.05 
 
 		 413 aa  168  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  33.05 
 
 		 413 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  32.85 
 
 		 416 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  32.77 
 
 		 413 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  32.46 
 
 		 444 aa  162  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  31.02 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  33.24 
 
 		 440 aa  155  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  32.25 
 
 		 434 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  31.48 
 
 		 421 aa  151  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  32.49 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  31.55 
 
 		 420 aa  150  4e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  32.28 
 
 		 414 aa  146  5e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  31.99 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  28.74 
 
 		 434 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  29.01 
 
 		 428 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  27.89 
 
 		 408 aa  136  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  30.54 
 
 		 407 aa  136  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  29.77 
 
 		 431 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  29.26 
 
 		 432 aa  133  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  29.77 
 
 		 444 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  27.64 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  29.81 
 
 		 411 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  30.58 
 
 		 473 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  28.98 
 
 		 434 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  28.42 
 
 		 401 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  28.53 
 
 		 408 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  28.41 
 
 		 445 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  28.53 
 
 		 434 aa  120  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  28.49 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  27.25 
 
 		 390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  28.21 
 
 		 429 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  27.46 
 
 		 417 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  28.74 
 
 		 389 aa  113  7.000000000000001e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  27.02 
 
 		 412 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  26.16 
 
 		 524 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  27.84 
 
 		 423 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  28.49 
 
 		 426 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  25.14 
 
 		 416 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  29.02 
 
 		 416 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  25.14 
 
 		 416 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  26.44 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  26.44 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  25.2 
 
 		 406 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  26.05 
 
 		 419 aa  99  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  26.44 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  23.84 
 
 		 398 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  25.14 
 
 		 407 aa  96.7  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  23.63 
 
 		 406 aa  94  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  23.53 
 
 		 436 aa  94  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  26.88 
 
 		 404 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  25.77 
 
 		 415 aa  92  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  25.32 
 
 		 420 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  25.75 
 
 		 544 aa  89.7  9e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  24.39 
 
 		 411 aa  89.4  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  25.82 
 
 		 433 aa  87  6e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  24.72 
 
 		 428 aa  85.5  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  31.61 
 
 		 225 aa  85.5  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  23.61 
 
 		 408 aa  83.6  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  24.42 
 
 		 409 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  26.88 
 
 		 437 aa  82.8  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  26.11 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  24.58 
 
 		 445 aa  80.5  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  24.58 
 
 		 445 aa  79.7  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  24.6 
 
 		 413 aa  79.7  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  23.68 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  24.87 
 
 		 408 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  26.77 
 
 		 455 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  24.52 
 
 		 395 aa  75.5  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  24.86 
 
 		 413 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  26.11 
 
 		 457 aa  73.9  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  25.65 
 
 		 447 aa  73.6  0.000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5506  phage portal protein, HK97 family  24.25 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.709326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  25.14 
 
 		 393 aa  69.7  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  21.35 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  21.35 
 
 		 436 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  27.92 
 
 		 542 aa  67  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  24.09 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1334  phage portal protein HK97 family  26.64 
 
 		 400 aa  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00597949  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2238  phage portal protein, HK97 family  24.52 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0330088  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  24.79 
 
 		 404 aa  62.4  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  24.52 
 
 		 389 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  25.29 
 
 		 404 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  23.24 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  23.24 
 
 		 392 aa  60.5  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  23.2 
 
 		 448 aa  60.1  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  25.64 
 
 		 833 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  25.64 
 
 		 859 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  25.64 
 
 		 833 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1060  HK97 family phage portal protein  22.71 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1080  HK97 family phage portal protein  22.71 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  24.87 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3150  HK97 family phage portal protein  31.01 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273725  normal  0.0302627 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1433  HK97 family phage portal protein  30.47 
 
 		 390 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.273066 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>