More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5709 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5709  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 
316 aa  621  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.37 
 
 
293 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.548655  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.6 
 
 
290 aa  298  1e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.39 
 
 
299 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625202  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
308 aa  199  5e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.283214  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.277747  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29410  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.22 
 
 
322 aa  195  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.899558  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
311 aa  188  9e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.17058  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
306 aa  187  3e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.739705  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
318 aa  185  9e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0272583 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2509  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  46.46 
 
 
342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.492226 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0630  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein, putative  37.32 
 
 
310 aa  181  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07100  carbohydrate ABC transporter membrane protein  39.71 
 
 
318 aa  181  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.790586  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0698  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 
310 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
313 aa  181  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.194798  decreased coverage  0.00518822 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29440  permease component of ABC-type sugar transporter  39.29 
 
 
318 aa  178  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
309 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
310 aa  177  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  36.23 
 
 
310 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
296 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0604  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 
310 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0623  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 
310 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 
310 aa  177  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0478  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  36.23 
 
 
310 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0536  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  35.87 
 
 
310 aa  175  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0567  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  35.87 
 
 
310 aa  175  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
314 aa  174  9.999999999999999e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
325 aa  172  5e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  34.55 
 
 
321 aa  172  7.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
292 aa  171  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0753  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.57 
 
 
312 aa  169  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.308461  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1942  sugar ABC transporter, permease protein  39.1 
 
 
287 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.39 
 
 
320 aa  167  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  37.59 
 
 
314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  35.94 
 
 
293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1637  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
303 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0695484  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
293 aa  161  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
305 aa  160  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205165  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
305 aa  160  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.028536  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  35.48 
 
 
322 aa  158  9e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.57 
 
 
295 aa  158  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
300 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 
310 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.88 
 
 
305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
315 aa  155  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.31256  normal  0.442716 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
296 aa  155  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00598191  normal  0.10352 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
309 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
310 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal  0.350334 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
317 aa  155  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 
296 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
294 aa  153  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  35.59 
 
 
294 aa  152  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
316 aa  153  5e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0204  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
299 aa  152  5e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.497209  normal  0.169553 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000249122  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
293 aa  152  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 
296 aa  152  8e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31 
 
 
320 aa  152  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
296 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.963086  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  31.32 
 
 
315 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0905  transmembrane permease MsmF  31.79 
 
 
289 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0122469  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
296 aa  151  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
307 aa  152  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000296099  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
318 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
292 aa  151  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
313 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3574  carbohydrate ABC transporter permease  30.91 
 
 
294 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3708  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
294 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2725  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.98 
 
 
315 aa  149  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.104995  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
321 aa  150  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
292 aa  150  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
296 aa  149  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.243021 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05250  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.53 
 
 
309 aa  150  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
306 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0924232  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0635  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
314 aa  149  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00123951  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  33.68 
 
 
317 aa  149  5e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
299 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
319 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5581  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
295 aa  148  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.613698  normal  0.150229 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5739  ABC transporter permease  30.8 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.16 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4017  carbohydrate ABC transporter permease  30.55 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.82 
 
 
315 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0178534  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1691  oligogalacturonide ABC tansporter, permease protein  34.21 
 
 
296 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.041328  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.21 
 
 
296 aa  147  3e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1183  ABC transporter, permease protein  34.62 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.101432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2817  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  34.62 
 
 
307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05430  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.8 
 
 
321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0550121  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
298 aa  146  5e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12077  sugar ABC transporter membrane protein  31.9 
 
 
300 aa  146  6e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>