More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4288 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4288  50S ribosomal protein L21  100 
 
 		 104 aa  204  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.997468  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3869  50S ribosomal protein L21  89.42 
 
 		 105 aa  186  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.43759  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4193  50S ribosomal protein L21  88.46 
 
 		 105 aa  185  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3005  50S ribosomal protein L21  82.18 
 
 		 124 aa  169  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.765258 
 
 
-
 
NC_004310  BR1850  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 142 aa  143  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1782  50S ribosomal protein L21  70.59 
 
 		 188 aa  143  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1050  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 		 129 aa  140  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436024  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0309  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.848766  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0418  50S ribosomal protein L21  61.17 
 
 		 103 aa  130  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3189  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 		 104 aa  127  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3283  50S ribosomal protein L21  59.41 
 
 		 125 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1460  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  60 
 
 		 221 aa  125  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0369658 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2784  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  57.28 
 
 		 223 aa  123  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0566987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3799  50S ribosomal protein L21  56.19 
 
 		 136 aa  121  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  59.41 
 
 		 103 aa  120  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3819  50S ribosomal protein L21  55.24 
 
 		 131 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.711796  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3511  50S ribosomal protein L21  55.24 
 
 		 131 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.917781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1200  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  58.1 
 
 		 198 aa  120  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0231  50S ribosomal protein L21  57.69 
 
 		 104 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4103  50S ribosomal protein L21  56.31 
 
 		 140 aa  117  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.509637 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  56.31 
 
 		 103 aa  117  7e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1483  ribosomal protein L21  55.45 
 
 		 103 aa  115  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1242  50S ribosomal protein L21P  61.62 
 
 		 100 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3461  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  68.63 
 
 		 230 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.2589  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0194  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 		 171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.472355 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  54.29 
 
 		 258 aa  112  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4922  50S ribosomal protein L21  63.46 
 
 		 130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0179671  normal  0.559364 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  52.43 
 
 		 104 aa  111  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 		 104 aa  111  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4414  50S ribosomal protein L21  62.5 
 
 		 130 aa  110  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4877  50S ribosomal protein L21  62.5 
 
 		 130 aa  110  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.388673 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2238  ribosomal protein L21  47.12 
 
 		 104 aa  110  7.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0929508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4210  50S ribosomal protein L21  67.62 
 
 		 105 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.124058 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 		 103 aa  110  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0108  50S ribosomal protein L21  67.31 
 
 		 104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.111218 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3590  50S ribosomal protein L21  52.43 
 
 		 102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000239742  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  56.44 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4723  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0388782  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2250  50S ribosomal protein L21  49.5 
 
 		 102 aa  108  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00445864  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 103 aa  107  7.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0349  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 102 aa  106  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694207  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0162  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 102 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000233925  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  54.46 
 
 		 102 aa  104  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000144419  hitchhiker  0.000000201625 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0341  ribosomal protein L21  53.85 
 
 		 104 aa  104  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000133447  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0151  50S ribosomal protein L21  60.19 
 
 		 126 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772781  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 103 aa  104  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 103 aa  104  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000634591  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0427  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 		 127 aa  103  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  50.49 
 
 		 103 aa  103  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000280256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0145  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 102 aa  103  6e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  53.47 
 
 		 103 aa  103  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0439  50S ribosomal protein L21  60.19 
 
 		 146 aa  103  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0488  ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 103 aa  102  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  52.48 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1416  50S ribosomal protein L21  50.49 
 
 		 102 aa  102  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2058  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 102 aa  102  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.550778  normal  0.848803 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0589  50S ribosomal protein L21  59.22 
 
 		 128 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  51.46 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1380  50S ribosomal protein L21  50.49 
 
 		 102 aa  101  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0246  50S ribosomal protein L21  60.19 
 
 		 128 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0497  ribosomal protein L21  52.48 
 
 		 98 aa  101  3e-21  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0514  50S ribosomal protein L21  60.19 
 
 		 128 aa  100  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0153  50S ribosomal protein L21  59.22 
 
 		 132 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3072  50S ribosomal protein L21  45.63 
 
 		 103 aa  100  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000583134  unclonable  0.0000000178409 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3738  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 		 103 aa  100  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000915025  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0525  ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  100  7e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0304  50S ribosomal protein L21  45.63 
 
 		 102 aa  100  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000140365  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1340  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 102 aa  100  7e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0383215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 		 103 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0891  50S ribosomal protein L21  47.52 
 
 		 103 aa  100  9e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0723214 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0183  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 102 aa  100  1e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  99.4  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  53.4 
 
 		 103 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  46.6 
 
 		 103 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2692  50S ribosomal protein L21P  46.6 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00184818  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0557  50S ribosomal protein L21  46.53 
 
 		 104 aa  99.4  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 103 aa  99.8  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  46.6 
 
 		 103 aa  99.8  1e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0511  50S ribosomal protein L21  48.51 
 
 		 103 aa  99.4  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0526818 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 		 103 aa  99  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  53.4 
 
 		 103 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  99.4  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03051  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00856225  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0521  ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4508  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000766256  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3315  ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000262091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3496  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000280512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3482  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000216305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3584  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.68689e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3671  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000125607  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0514  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000928168  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03002  hypothetical protein  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00734484  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3379  50S ribosomal protein L21  47.57 
 
 		 103 aa  98.2  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.03555e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3479  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 		 103 aa  97.8  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000647108  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>