More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0013 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03582  DNA gyrase subunit B  59.23 
 
 
804 aa  913    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0004  DNA gyrase, B subunit  59.23 
 
 
804 aa  913    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  55.71 
 
 
795 aa  830    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0013  DNA gyrase subunit B  56.84 
 
 
806 aa  880    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.571026  unclonable  0.0000003087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0006  DNA gyrase subunit B  65.73 
 
 
811 aa  1051    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000311968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0003  DNA gyrase subunit B  52.57 
 
 
877 aa  787    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0416  DNA gyrase subunit B  66.79 
 
 
812 aa  1059    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3030  DNA gyrase, B subunit  56.16 
 
 
804 aa  862    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0112  DNA gyrase, B subunit  53.78 
 
 
795 aa  862    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.153062  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3440  DNA gyrase subunit B  52.63 
 
 
842 aa  805    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.683175  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4146  DNA gyrase subunit B  51.45 
 
 
868 aa  785    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.66151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0004  DNA gyrase, B subunit  54.85 
 
 
814 aa  839    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  48.32 
 
 
769 aa  724    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0125  DNA gyrase subunit B  77.15 
 
 
810 aa  1277    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0011  DNA gyrase, B subunit  57.99 
 
 
805 aa  886    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0004  DNA gyrase, subunit B  55.16 
 
 
805 aa  859    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0003  DNA gyrase, B subunit  51.63 
 
 
868 aa  769    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1346  DNA gyrase subunit B  74.88 
 
 
809 aa  1233    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1224  DNA gyrase, B subunit  55.28 
 
 
807 aa  864    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.060887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0003  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0925325  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  55.51 
 
 
805 aa  876    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  55.82 
 
 
805 aa  879    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0004  DNA gyrase subunit B  55.16 
 
 
805 aa  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0004  DNA gyrase subunit B  52.32 
 
 
871 aa  817    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0729554  hitchhiker  0.0000403413 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0003  DNA gyrase subunit B  52.32 
 
 
834 aa  784    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0123108  hitchhiker  0.00974324 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0003  DNA gyrase subunit B  53.45 
 
 
851 aa  811    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0003  DNA gyrase subunit B  52.81 
 
 
841 aa  792    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150441  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0417  DNA gyrase subunit B  52.72 
 
 
798 aa  857    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0004  DNA gyrase, B subunit  56.83 
 
 
805 aa  877    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.279894  hitchhiker  0.0000731139 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0003  DNA gyrase subunit B  53.85 
 
 
823 aa  800    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0004  DNA gyrase subunit B  70.7 
 
 
813 aa  1158    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0791906 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0005  DNA gyrase subunit B  57.5 
 
 
804 aa  876    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.645478  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0299  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.281677  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0019  DNA gyrase, B subunit  56.54 
 
 
807 aa  877    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0004  DNA gyrase subunit B  56.04 
 
 
805 aa  874    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000624139  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1346  DNA gyrase subunit B  65.97 
 
 
811 aa  1052    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.427072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  53.85 
 
 
795 aa  787    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3184  DNA gyrase subunit B  53.17 
 
 
824 aa  813    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505435  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0015  DNA gyrase subunit B  65.97 
 
 
811 aa  1052    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0003  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0087  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2235  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  54.42 
 
 
795 aa  827    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  49.5 
 
 
797 aa  689    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0012  DNA gyrase, B subunit  56.72 
 
 
813 aa  890    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00964713  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0029  DNA gyrase subunit B  48.2 
 
 
769 aa  723    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.147794  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0003  DNA gyrase subunit B  46.94 
 
 
769 aa  688    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0003  DNA gyrase subunit B  56.06 
 
 
810 aa  860    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.835475  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0004  DNA gyrase subunit B  68.05 
 
 
802 aa  1031    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0101  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3241  DNA gyrase subunit B  53.45 
 
 
822 aa  831    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  49.69 
 
 
795 aa  725    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0005  DNA gyrase subunit B  71.77 
 
 
813 aa  1155    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.974369 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3310  DNA gyrase subunit B  61.74 
 
 
835 aa  994    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4119  DNA gyrase, B subunit  52.86 
 
 
874 aa  778    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0784571  normal  0.168166 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0721  DNA gyrase, B subunit  55.04 
 
 
783 aa  853    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0620  DNA gyrase, B subunit  52.35 
 
 
798 aa  858    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0004  DNA gyrase subunit B  68.66 
 
 
805 aa  1070    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0003  DNA gyrase, B subunit  52.27 
 
 
870 aa  782    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.41249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0004  DNA gyrase subunit B  57.57 
 
 
808 aa  884    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0005  DNA gyrase subunit B  71.95 
 
 
813 aa  1157    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0003  DNA gyrase subunit B  57.85 
 
 
798 aa  877    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0221229  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0003  DNA gyrase subunit B  52.5 
 
 
874 aa  784    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0319468  normal  0.972723 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4460  DNA gyrase subunit B  52.77 
 
 
823 aa  815    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.318757  normal  0.407237 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0004  DNA gyrase, B subunit  57.97 
 
 
805 aa  883    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.236407  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0004  DNA gyrase, B subunit  57 
 
 
805 aa  879    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195183  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0004  DNA gyrase subunit B  71.89 
 
 
813 aa  1152    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0004  DNA gyrase subunit B  57.39 
 
 
805 aa  864    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0004  DNA gyrase subunit B  70.7 
 
 
813 aa  1149    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0771659  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0006  DNA gyrase, B subunit  52.13 
 
 
871 aa  816    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.44586  hitchhiker  0.00403609 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0003  DNA gyrase subunit B  52.44 
 
 
841 aa  780    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0131  DNA gyrase, B subunit  54.21 
 
 
802 aa  842    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.155863  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  47.01 
 
 
879 aa  707    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  67.58 
 
 
805 aa  1075    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2972  DNA gyrase, B subunit  60.95 
 
 
858 aa  967    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0506352 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2555  DNA gyrase subunit B  53.66 
 
 
824 aa  822    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2850  DNA gyrase subunit B  53.33 
 
 
822 aa  824    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.60732  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0004  DNA gyrase, B subunit  56.24 
 
 
806 aa  875    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3603  DNA gyrase subunit B  78.53 
 
 
815 aa  1293    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0004  DNA gyrase subunit B  56.4 
 
 
806 aa  865    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  48.95 
 
 
798 aa  667    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3717  DNA gyrase, B subunit  55.18 
 
 
809 aa  856    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468303  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1708  DNA gyrase subunit B  56.3 
 
 
807 aa  871    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0004  DNA gyrase subunit B  57.62 
 
 
805 aa  885    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.850847  unclonable  0.0000000000498396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0004  DNA gyrase subunit B  57.5 
 
 
805 aa  884    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666874  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0004  DNA gyrase subunit B  55.86 
 
 
805 aa  883    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.477519 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0004  DNA gyrase, B subunit  58.11 
 
 
805 aa  886    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0166192  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0003  DNA gyrase, B subunit  53.79 
 
 
832 aa  817    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0014  DNA gyrase subunit B  66.96 
 
 
800 aa  1025    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0003  DNA gyrase subunit B  53.66 
 
 
824 aa  822    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00050  DNA gyrase subunit B  56.72 
 
 
806 aa  873    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0016  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  57.69 
 
 
805 aa  883    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0003  DNA gyrase subunit B  53.66 
 
 
824 aa  822    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0004  DNA gyrase subunit B  59.01 
 
 
804 aa  903    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.083955  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  51.47 
 
 
808 aa  758    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0006  DNA gyrase subunit B  59.88 
 
 
812 aa  929    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0012  DNA gyrase subunit B  57.5 
 
 
805 aa  886    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257607 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0003  DNA gyrase subunit B  47.27 
 
 
773 aa  681    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.380476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  52.12 
 
 
802 aa  792    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0004  DNA gyrase, B subunit  57.62 
 
 
805 aa  884    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>