More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5065 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5065  periplasmic binding protein  100 
 
 
336 aa  680    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4230  periplasmic binding protein  55.69 
 
 
341 aa  375  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973317  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5337  periplasmic binding protein  52.9 
 
 
338 aa  297  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal  0.734809 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  45.13 
 
 
662 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4288  periplasmic binding protein  45.57 
 
 
359 aa  249  5e-65  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515343  normal  0.467407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3470  periplasmic binding protein  45.79 
 
 
356 aa  236  5.0000000000000005e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00150315  hitchhiker  0.00510017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0853  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  40.77 
 
 
349 aa  231  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22710  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  37.46 
 
 
345 aa  218  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  39.37 
 
 
344 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2437  periplasmic binding protein  36.52 
 
 
351 aa  206  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.255476  normal  0.0637289 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0418  twin-arginine translocation pathway signal  37.72 
 
 
347 aa  203  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.71368  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2692  periplasmic binding protein  34.48 
 
 
349 aa  185  7e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154596  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07950  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  37.7 
 
 
349 aa  182  6e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0346758  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  34.42 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3694  periplasmic binding protein  35.42 
 
 
341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.792098  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2670  periplasmic binding protein  35.89 
 
 
351 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0375  periplasmic binding protein  34.6 
 
 
315 aa  162  9e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17020  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.33 
 
 
346 aa  158  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.745589 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4296  periplasmic binding protein  36.88 
 
 
346 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  34.13 
 
 
365 aa  155  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0270  twin-arginine translocation pathway signal  31.71 
 
 
321 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0280  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
321 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0308  periplasmic binding protein  31.83 
 
 
316 aa  155  8e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0260  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
321 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1491  putative ABC transporter, periplasmic iron-siderophore binding protein  32.74 
 
 
347 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00253008  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22070  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  36.19 
 
 
383 aa  152  5e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.162415 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1591  periplasmic binding protein  33.75 
 
 
334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10269  periplasmic iron-transport lipoprotein  29.79 
 
 
330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.110209 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0807  periplasmic binding protein  35.52 
 
 
343 aa  150  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2930  periplasmic binding protein  33.05 
 
 
365 aa  149  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06470  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.82 
 
 
353 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0269  periplasmic binding protein  32.65 
 
 
338 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.448293  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3071  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  31.08 
 
 
350 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3909  periplasmic binding protein  35.44 
 
 
341 aa  143  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2819  periplasmic binding protein  31.55 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.99 
 
 
358 aa  137  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.311428  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2085  periplasmic binding protein  30.86 
 
 
354 aa  136  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000968789  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2580  periplasmic binding protein  31.72 
 
 
354 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3759  periplasmic binding protein  33.1 
 
 
316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.445069  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2317  periplasmic binding protein  33.78 
 
 
345 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2175  periplasmic binding protein  34.29 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.038626  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3735  periplasmic binding protein  29.85 
 
 
361 aa  129  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3935  periplasmic binding protein  29.18 
 
 
373 aa  127  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.427342  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4037  periplasmic binding protein  27.9 
 
 
339 aa  127  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.63 
 
 
347 aa  126  6e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.895091  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5939  periplasmic binding protein  31.1 
 
 
330 aa  125  8.000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.774281 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3522  periplasmic binding protein  28.65 
 
 
333 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3636  periplasmic binding protein  32.78 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26550  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.05 
 
 
348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511837  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0428  periplasmic binding protein  33.77 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0856962  normal  0.313337 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3331  transport system permease protein  28.48 
 
 
324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.411353  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  26.89 
 
 
316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2592  periplasmic binding protein  30.79 
 
 
357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366339  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2827  periplasmic binding protein  30.25 
 
 
332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.420364  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3061  periplasmic binding protein  28.43 
 
 
325 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  0.218558 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3416  ABC Fe+3-siderophore transporter, periplasmic binding protein  28.14 
 
 
325 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.1 
 
 
356 aa  108  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2540  periplasmic binding protein  28.84 
 
 
359 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.501058  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2441  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  28.84 
 
 
359 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3183  ferric enterobactin ABC transporter ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  28.84 
 
 
359 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.197139 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
330 aa  103  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  32.06 
 
 
330 aa  103  5e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.82 
 
 
322 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  30.74 
 
 
321 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  30.74 
 
 
321 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.2 
 
 
322 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0708  periplasmic binding protein  28.19 
 
 
318 aa  100  3e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2219  periplasmic binding protein  30.32 
 
 
335 aa  97.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0176424  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  30.17 
 
 
322 aa  95.5  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  30.58 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.58 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.17 
 
 
321 aa  94  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.17 
 
 
321 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  30.17 
 
 
321 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  29.5 
 
 
324 aa  93.2  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
324 aa  89.4  8e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3654  periplasmic binding protein  30.03 
 
 
329 aa  87.4  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.841476  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4123  periplasmic binding protein  32.65 
 
 
346 aa  85.5  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2413  periplasmic binding protein  29 
 
 
351 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3525  periplasmic binding protein  31.33 
 
 
310 aa  82.4  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.476755  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  29.93 
 
 
309 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0362  periplasmic binding protein  27.92 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.03 
 
 
326 aa  78.6  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5028  periplasmic binding protein  27.62 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.690796  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7985  substrate-binding family protein, putative  29.6 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2423  periplasmic binding protein  28.72 
 
 
303 aa  77  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.929009  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  25.82 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  25.91 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  23.08 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  23.08 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  23.08 
 
 
320 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0133  periplasmic binding protein  29.26 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0336  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  32.81 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000107153  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0320  ferrichrome-binding periplasmic protein  32.81 
 
 
305 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000029234  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0323  ferrichrome-binding periplasmic protein  32.81 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000895612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  23.08 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0351  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  32.81 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0383  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  32.81 
 
 
305 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0451  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  31.36 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  22.38 
 
 
320 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>