88 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Tneu_0024  CDS  NC_010525  16196  17110  915  aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit  YP_001793428  normal  decreased coverage  0.00458204  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0027  CDS  NC_010525  19322  20806  1485  type II secretion system protein E  YP_001793431  normal  decreased coverage  0.00644516  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0028  CDS  NC_010525  20784  20996  213  hypothetical protein  YP_001793432  normal  decreased coverage  0.00345108  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0029  CDS  NC_010525  20993  21505  513  hypothetical protein  YP_001793433  normal  decreased coverage  0.00385043  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0030  CDS  NC_010525  21573  23057  1485  7-cyano-7-deazaguanine tRNA-ribosyltransferase  YP_001793434  normal  decreased coverage  0.00267485  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0035  CDS  NC_010525  26090  26548  459  PUA domain-containing protein  YP_001793439  normal  decreased coverage  0.00396797  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0036  CDS  NC_010525  26514  26795  282  hypothetical protein  YP_001793440  normal  decreased coverage  0.00385043  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0037  CDS  NC_010525  26779  27072  294  hypothetical protein  YP_001793441  normal  decreased coverage  0.00382776  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0038  CDS  NC_010525  27171  27413  243  like-Sm ribonucleoprotein core  YP_001793442  normal  decreased coverage  0.00385043  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0068  CDS  NC_010525  63169  64923  1755  ATP-dependent DNA ligase  YP_001793472  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0099  CDS  NC_010525  84911  86218  1308  hypothetical protein  YP_001793503  normal  0.428389  decreased coverage  0.00133655  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0100  CDS  NC_010525  86321  86665  345  hypothetical protein  YP_001793504  normal  0.704111  decreased coverage  0.000890686  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0101  CDS  NC_010525  86789  87598  810  hypothetical protein  YP_001793505  normal  decreased coverage  0.00117454  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0102  CDS  NC_010525  87617  88549  933  prephenate dehydratase  YP_001793506  normal  decreased coverage  0.00124161  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0183  CDS  NC_010525  161865  163280  1416  glycoside hydrolase family protein  YP_001793585  decreased coverage  0.00355516  normal  0.949853  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0302  CDS  NC_010525  262119  263099  981  hypothetical protein  YP_001793699  decreased coverage  0.00317045  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0303  CDS  NC_010525  263085  263327  243  hypothetical protein  YP_001793700  decreased coverage  0.00345197  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0304  CDS  NC_010525  263388  263966  579  hypothetical protein  YP_001793701  decreased coverage  0.0060073  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0330  CDS  NC_010525  285805  286572  768  ABC transporter related  YP_001793727  normal  decreased coverage  0.00533826  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0335  CDS  NC_010525  290400  290591  192  iron dependent repressor  YP_001793731  normal  0.127848  decreased coverage  0.00440763  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0336  CDS  NC_010525  290609  291265  657  uroporphyrin-III C/tetrapyrrole methyltransferase  YP_001793732  normal  0.246929  decreased coverage  0.00542605  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0341  CDS  NC_010525  295902  297317  1416  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_001793737  normal  decreased coverage  0.00798095  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0450  CDS  NC_010525  407130  408134  1005  arsenite-transporting ATPase  YP_001793843  decreased coverage  0.0025028  hitchhiker  0.000316077  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0471  CDS  NC_010525  426882  428483  1602  hypothetical protein  YP_001793864  normal  0.0692558  decreased coverage  6.12882e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0475  CDS  NC_010525  431102  432079  978  hypothetical protein  YP_001793868  hitchhiker  1.28287e-05  decreased coverage  3.92737e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0476  CDS  NC_010525  432183  432746  564  dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase  YP_001793869  hitchhiker  4.24629e-08  decreased coverage  2.83912e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0477  CDS  NC_010525  432736  433575  840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  YP_001793870  unclonable  6.5602e-12  decreased coverage  3.61225e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0478  CDS  NC_010525  433575  434537  963  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  YP_001793871  unclonable  8.51226e-12  decreased coverage  4.2699e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0479  CDS  NC_010525  434534  435496  963  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  YP_001793872  hitchhiker  3.31909e-09  decreased coverage  4.39199e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0480  CDS  NC_010525  435594  436580  987  glycosyl transferase family protein  YP_001793873  hitchhiker  5.79752e-08  decreased coverage  5.09358e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0481  CDS  NC_010525  436577  437929  1353  hypothetical protein  YP_001793874  hitchhiker  1.75856e-05  decreased coverage  7.23889e-09  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0482  CDS  NC_010525  437944  440370  2427  hypothetical protein  YP_001793875  hitchhiker  0.000724733  decreased coverage  1.63201e-08  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0514  CDS  NC_010525  465991  466911  921  glycosyl transferase family protein  YP_001793903  decreased coverage  0.000423295  normal  0.0420036  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0552  CDS  NC_010525  503870  504793  924  phosphate ABC transporter, inner membrane subunit PstC  YP_001793941  hitchhiker  0.000932334  decreased coverage  6.13799e-07  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0553  CDS  NC_010525  504830  506011  1182  phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein  YP_001793942  decreased coverage  4.4949e-05  decreased coverage  7.29541e-07  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0554    NC_010525  506564  507503  940      hitchhiker  0.000194226  decreased coverage  7.86204e-07  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0579  CDS  NC_010525  529648  530511  864  CRISPR-associated RAMP Csa1 family protein  YP_001793967  decreased coverage  0.000306533  normal  0.121331  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0782  CDS  NC_010525  701368  702069  702  NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent  YP_001794167  decreased coverage  0.00638916  normal  0.0859094  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0942  CDS  NC_010525  835883  836134  252  hypothetical protein  YP_001794324  normal  0.616483  decreased coverage  2.656e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0943  CDS  NC_010525  836439  836648  210  hypothetical protein  YP_001794325  normal  decreased coverage  2.6157e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0944  CDS  NC_010525  836670  838088  1419  hypothetical protein  YP_001794326  normal  decreased coverage  5.01517e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0951  CDS  NC_010525  842184  843380  1197  SufBD protein  YP_001794332  decreased coverage  1.36681e-05  hitchhiker  0.000156509  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0954  CDS  NC_010525  844606  845508  903  5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase  YP_001794335  hitchhiker  0.000102925  decreased coverage  4.0812e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0955  CDS  NC_010525  845509  846243  735  hypothetical protein  YP_001794336  hitchhiker  0.00154213  decreased coverage  3.61485e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0956  CDS  NC_010525  846436  846846  411  hypothetical protein  YP_001794337  hitchhiker  0.00830325  decreased coverage  3.02233e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_0957  CDS  NC_010525  846867  847877  1011  delta-aminolevulinic acid dehydratase  YP_001794338  normal  0.283226  decreased coverage  4.05036e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1003  CDS  NC_010525  895248  895592  345  hypothetical protein  YP_001794381  decreased coverage  1.7414e-09  hitchhiker  0.000590209  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1007  CDS  NC_010525  899278  900735  1458  extracellular solute-binding protein  YP_001794385  normal  0.256846  decreased coverage  0.000168852  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1008  CDS  NC_010525  900750  902552  1803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  YP_001794386  normal  decreased coverage  0.000236655  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1009  CDS  NC_010525  902549  903592  1044  ABC transporter related  YP_001794387  normal  decreased coverage  0.000145276  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1013  CDS  NC_010525  906561  908552  1992  hypothetical protein  YP_001794391  normal  0.655102  decreased coverage  9.18159e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1014  CDS  NC_010525  908545  909024  480  hypothetical protein  YP_001794392  normal  0.311282  decreased coverage  0.000120923  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1015  CDS  NC_010525  909043  909327  285  hypothetical protein  YP_001794393  normal  0.407528  decreased coverage  0.000115307  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1093  CDS  NC_010525  977897  979183  1287  periplasmic binding protein  YP_001794470  decreased coverage  8.16511e-06  hitchhiker  0.00387756  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1094  CDS  NC_010525  979202  980446  1245  peptidase M16 domain-containing protein  YP_001794471  decreased coverage  4.67698e-06  hitchhiker  0.00190333  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1104  CDS  NC_010525  987594  988043  450  hypothetical protein  YP_001794481  decreased coverage  0.000258976  hitchhiker  0.000179662  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1111  CDS  NC_010525  996792  997895  1104  methyltransferase type 11  YP_001794488  decreased coverage  1.34358e-05  hitchhiker  1.06237e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1121  CDS  NC_010525  1006955  1007521  567  hypothetical protein  YP_001794498  hitchhiker  2.04347e-07  decreased coverage  5.47229e-11  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1122  CDS  NC_010525  1007543  1007920  378  paREP8  YP_001794499  hitchhiker  7.49738e-08  decreased coverage  4.91916e-11  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1123  CDS  NC_010525  1007929  1010325  2397  hypothetical protein  YP_001794500  hitchhiker  3.27071e-06  decreased coverage  3.31797e-10  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1124    NC_010525  1010569  1010938  370      hitchhiker  1.63512e-10  decreased coverage  5.97127e-11  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1125  CDS  NC_010525  1011248  1013776  2529  hypothetical protein  YP_001794501  unclonable  3.57671e-07  decreased coverage  3.58503e-10  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1126  CDS  NC_010525  1014506  1016020  1515  carbohydrate kinase, YjeF related protein  YP_001794502  hitchhiker  6.09405e-10  decreased coverage  1.91646e-10  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1143  CDS  NC_010525  1032527  1033516  990  hypothetical protein  YP_001794519  decreased coverage  0.000385352  hitchhiker  4.94945e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1144  CDS  NC_010525  1033513  1034073  561  hypothetical protein  YP_001794520  decreased coverage  0.000125974  hitchhiker  3.45687e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1145  CDS  NC_010525  1034039  1035640  1602  AAA ATPase  YP_001794521  decreased coverage  0.00264126  hitchhiker  2.64348e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1155    NC_010525  1047739  1048816  1078      decreased coverage  0.000220761  hitchhiker  8.0413e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1276  CDS  NC_010525  1140910  1141770  861  TatD-related deoxyribonuclease  YP_001794649  decreased coverage  1.91053e-05  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1312  CDS  NC_010525  1171616  1173043  1428  thiamine biosynthesis protein ThiI  YP_001794685  decreased coverage  0.00281014  normal  0.313151  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1511  CDS  NC_010525  1343937  1344359  423  thioredoxin domain-containing protein  YP_001794881  decreased coverage  0.00655361  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1548  CDS  NC_010525  1373672  1374949  1278  beta-lactamase domain-containing protein  YP_001794918  decreased coverage  0.00297769  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1713  CDS  NC_010525  1506989  1508626  1638  hypothetical protein  YP_001795079  normal  0.0359775  decreased coverage  1.79146e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1714  CDS  NC_010525  1508705  1509334  630  hypothetical protein  YP_001795080  normal  0.0851661  decreased coverage  9.20939e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1715  CDS  NC_010525  1509313  1509627  315  hypothetical protein  YP_001795081  normal  0.191912  decreased coverage  7.07743e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1716  CDS  NC_010525  1509650  1510024  375  endoribonuclease L-PSP  YP_001795082  normal  0.220452  decreased coverage  7.24646e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1717  CDS  NC_010525  1510069  1510674  606  isochorismatase hydrolase  YP_001795083  normal  decreased coverage  7.89432e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1718    NC_010525  1510910  1511149  240      normal  0.859175  decreased coverage  6.24689e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1719    NC_010525  1512082  1512180  99      normal  0.072585  decreased coverage  5.69137e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1720  CDS  NC_010525  1512434  1513435  1002  putative RNA methylase  YP_001795084  normal  0.0118315  decreased coverage  1.0347e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1721  CDS  NC_010525  1513478  1515034  1557  ATPase  YP_001795085  normal  0.0370491  decreased coverage  1.23614e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1722  CDS  NC_010525  1515031  1515810  780  methyltransferase type 11  YP_001795086  normal  0.0192579  decreased coverage  1.64865e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1723  CDS  NC_010525  1515800  1516663  864  ribonuclease Z  YP_001795087  hitchhiker  0.00214675  decreased coverage  6.91229e-06  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1724  CDS  NC_010525  1516682  1517365  684  dimethyladenosine transferase  YP_001795088  decreased coverage  0.00275557  hitchhiker  2.66565e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1819  CDS  NC_010525  1597193  1599301  2109  SMC domain-containing protein  YP_001795182  decreased coverage  0.000524613  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1880  CDS  NC_010525  1657459  1658535  1077  uncharacterized linocin/CFP29-like protein  YP_001795241  decreased coverage  1.12619e-06  normal  0.747435  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1909  CDS  NC_010525  1680267  1681202  936  methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP(+))  YP_001795270  decreased coverage  0.000677718  normal  0.128415  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_1965  CDS  NC_010525  1733342  1734481  1140  DNA-directed RNA polymerase subunit A''  YP_001795326  decreased coverage  1.12619e-06  normal  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Tneu_R0004  tRNA  NC_010525  506083  506199  117  tRNA-OTHER    decreased coverage  3.77684e-06  decreased coverage  4.20741e-07  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>