33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0689 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_0689  putative transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 195 aa  400  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0605  hypothetical protein  91.28 
 
 		 195 aa  365  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.533587  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0434  putative transmembrane regulator  34.68 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  hitchhiker  0.0000171865 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0374  putative transmembrane regulator  34.38 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0394  putative transmembrane regulator  34.68 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221341  hitchhiker  0.00246635 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0381  putative transmembrane regulator  34.68 
 
 		 244 aa  65.1  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0344786 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2099  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.483538  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4253  putative transcriptional regulator, CadC  34.78 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00298092 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2187  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.473189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0727  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2049  putative transcriptional regulator  29.52 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0819  transcriptional regulator, putative  29.52 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.108056  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0596  hypothetical protein  29.52 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00449821  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0251  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  31.33 
 
 		 255 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0375  putative response regulator  27.01 
 
 		 247 aa  57  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.99344  normal  0.0181378 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0397  putative response regulator  27.01 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00385918  hitchhiker  0.0000663843 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0197  transcriptional regulator, putative  31.33 
 
 		 255 aa  54.3  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0437  putative response regulator  26.28 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0722106  hitchhiker  0.00000510078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0384  putative response regulator  26.28 
 
 		 247 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00164652  hitchhiker  0.00364689 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0377  putative response regulator  26.28 
 
 		 247 aa  52.4  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4571  transcriptional regulator domain-containing protein  28.8 
 
 		 525 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1556  putative transcriptional regulator  29.49 
 
 		 288 aa  51.2  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2276  transcriptional regulatory protein-like  31.52 
 
 		 522 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1118  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 518 aa  46.2  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4134  transcriptional regulator, CadC  25.48 
 
 		 267 aa  44.3  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.907655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4280  transcriptional regulator domain-containing protein  33.33 
 
 		 531 aa  44.3  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3169  transcriptional regulatory protein, C terminal  29.57 
 
 		 269 aa  43.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0868  transcriptional regulator, CadC  29.57 
 
 		 269 aa  43.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4135  putative transcriptional regulator, CadC  26.8 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.846767  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0842  transcriptional regulator, CadC  29.57 
 
 		 269 aa  43.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2994  transcriptional regulatory protein, C terminal  29.57 
 
 		 269 aa  43.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000031675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4116  transcriptional regulatory protein  29.57 
 
 		 269 aa  42.7  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000375254 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02470  hypothetical protein  31.11 
 
 		 250 aa  41.6  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>