More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3684 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
342 aa  681    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.400561 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
341 aa  411  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0256159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
341 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.97 
 
 
338 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0285608  normal  0.325568 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
332 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66552  normal  0.21412 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
332 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.483809  normal  0.155681 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
332 aa  342  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.949619  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3929  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  45.29 
 
 
332 aa  327  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.24 
 
 
330 aa  308  9e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.394023  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.27 
 
 
330 aa  291  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
327 aa  287  2e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0910485  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 
327 aa  287  2e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000273599  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5516  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  42.94 
 
 
328 aa  284  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.472347  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000370081  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5699  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  41.32 
 
 
327 aa  280  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0252968  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14290  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.22 
 
 
329 aa  277  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
333 aa  263  3e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.45 
 
 
328 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00209232  normal  0.0480066 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
329 aa  261  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
328 aa  260  2e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
328 aa  260  2e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
328 aa  259  4e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.621423  normal  0.0366433 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.687314  normal  0.260687 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00290712 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
327 aa  229  4e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.51 
 
 
327 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
327 aa  229  6e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.772391  normal  0.978149 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
322 aa  229  6e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.161485  normal  0.148489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
322 aa  228  1e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
328 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.111848  normal  0.36544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
328 aa  215  7e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.2949  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6876  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
335 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0537311  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5906  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
335 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.188987  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
337 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.633745 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
323 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.79 
 
 
358 aa  175  8e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0891876 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
321 aa  172  6.999999999999999e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0231928  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5118  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide )  30.32 
 
 
337 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
321 aa  167  2e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
321 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
324 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
326 aa  160  4e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00111488  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.56 
 
 
321 aa  158  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000859188  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0569  oligopeptide ABC transporter, permease  30.03 
 
 
321 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
332 aa  157  3e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00733957  hitchhiker  0.00049009 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.31 
 
 
318 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  28.66 
 
 
321 aa  155  9e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2469  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.5 
 
 
345 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  29.25 
 
 
321 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
326 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
320 aa  152  7e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  28.01 
 
 
318 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  28.01 
 
 
318 aa  152  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
349 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  hitchhiker  0.0000268959 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  28.01 
 
 
318 aa  152  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
351 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.61865 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
349 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
322 aa  152  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
322 aa  151  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
325 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  26.81 
 
 
318 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  26.2 
 
 
318 aa  149  8e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
315 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.34 
 
 
321 aa  149  8e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.9 
 
 
316 aa  149  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2322  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  28.06 
 
 
348 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.87 
 
 
318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.43 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.43 
 
 
334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0246  oligopeptide ABC transporter, permease protein  26.85 
 
 
307 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0542782  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0219  oligopeptide ABC transporter permease  27.78 
 
 
307 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0242  oligopeptide ABC transporter, permease protein  27.78 
 
 
307 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.35 
 
 
318 aa  147  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
306 aa  145  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1343  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
326 aa  145  1e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.545551 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 
328 aa  145  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000323084  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0726  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
322 aa  144  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  32.93 
 
 
305 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0625  oligopeptide ABC transporter permease  30.45 
 
 
322 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0895389  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  30.84 
 
 
315 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0658  oligopeptide ABC transporter permease protein  30.45 
 
 
322 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.975917  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0715  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
322 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000364541 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0787  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.45 
 
 
322 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  30.15 
 
 
313 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0568  oligopeptide ABC transporter, permease  30.45 
 
 
322 aa  144  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.01 
 
 
326 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
325 aa  143  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  31.19 
 
 
324 aa  143  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.53 
 
 
322 aa  143  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.93 
 
 
305 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
326 aa  142  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.69 
 
 
462 aa  142  9e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.685434  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.25 
 
 
321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.181911  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.84 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00108438  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3159  ABC transporter binding protein inner membrane protein  29.73 
 
 
393 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0719  hypothetical protein  29.67 
 
 
316 aa  140  3e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.870853 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
344 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>