More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5516 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5516  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
328 aa  653    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.472347  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.88 
 
 
327 aa  377  1e-103  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000370081  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.29 
 
 
328 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.687314  normal  0.260687 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.29 
 
 
328 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00290712 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
328 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.621423  normal  0.0366433 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.18 
 
 
327 aa  363  2e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0910485  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.18 
 
 
327 aa  363  2e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000273599  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14290  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  55.52 
 
 
329 aa  362  3e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5699  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  53.37 
 
 
327 aa  362  5.0000000000000005e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0252968  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.88 
 
 
328 aa  358  8e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00209232  normal  0.0480066 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.37 
 
 
329 aa  351  8e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.15 
 
 
330 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.394023  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
333 aa  345  8e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.13 
 
 
330 aa  342  5e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
328 aa  339  4e-92  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
328 aa  339  4e-92  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.47 
 
 
332 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66552  normal  0.21412 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.47 
 
 
332 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.483809  normal  0.155681 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.16 
 
 
332 aa  309  5e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.949619  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3929  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.93 
 
 
332 aa  301  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.4 
 
 
327 aa  292  6e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
327 aa  279  6e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.772391  normal  0.978149 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
328 aa  277  1e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.111848  normal  0.36544 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.79 
 
 
327 aa  278  1e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
328 aa  271  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.2949  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.82 
 
 
322 aa  270  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.161485  normal  0.148489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.21 
 
 
322 aa  268  1e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.28 
 
 
341 aa  259  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
341 aa  259  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0256159  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.94 
 
 
342 aa  256  5e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.400561 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
338 aa  252  6e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0285608  normal  0.325568 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6876  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
335 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0537311  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5906  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
335 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.188987  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
323 aa  241  1e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.48 
 
 
337 aa  239  5.999999999999999e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.633745 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5118  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide )  38.48 
 
 
337 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
358 aa  234  1.0000000000000001e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0891876 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2322  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  38.27 
 
 
348 aa  223  4e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.85 
 
 
351 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.61865 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2469  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.27 
 
 
345 aa  215  7e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
349 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  hitchhiker  0.0000268959 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
349 aa  210  3e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
326 aa  207  2e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00111488  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
321 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
321 aa  203  3e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0231928  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  37.08 
 
 
326 aa  202  8e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  34.35 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  34.65 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
332 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00733957  hitchhiker  0.00049009 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.39 
 
 
353 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
328 aa  196  3e-49  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000323084  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  34.95 
 
 
318 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  34.95 
 
 
318 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.95 
 
 
318 aa  193  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
324 aa  193  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
321 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
321 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37 
 
 
321 aa  188  1e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000859188  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
325 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.13 
 
 
318 aa  186  5e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
306 aa  185  9e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  33.13 
 
 
318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.73 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0219  oligopeptide ABC transporter permease  34.7 
 
 
307 aa  183  3e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4576  peptide ABC transporter permease  33.23 
 
 
318 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752948  hitchhiker  0.00438876 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0242  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.7 
 
 
307 aa  183  3e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.83 
 
 
318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.53 
 
 
326 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  36.04 
 
 
324 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
318 aa  179  8e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0246  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 
307 aa  178  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0542782  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
321 aa  178  1e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
325 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.63 
 
 
326 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
320 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
320 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
334 aa  177  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 
321 aa  176  4e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
331 aa  176  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.03 
 
 
319 aa  176  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
315 aa  175  8e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.951594  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.42 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205475 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0408  peptide ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 
319 aa  173  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.599742  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1214  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  33.83 
 
 
316 aa  172  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  33.83 
 
 
316 aa  172  5e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
332 aa  172  5e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.739242 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.92 
 
 
321 aa  172  6.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 
321 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
319 aa  172  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0569  oligopeptide ABC transporter, permease  32 
 
 
321 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
322 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.53 
 
 
316 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  33.53 
 
 
316 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  34.73 
 
 
319 aa  170  3e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
321 aa  169  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>