More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3929 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3929  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  100 
 
 
332 aa  667    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.81 
 
 
332 aa  541  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.949619  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.81 
 
 
332 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66552  normal  0.21412 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7125  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.2 
 
 
332 aa  537  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.483809  normal  0.155681 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14290  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  49.54 
 
 
329 aa  345  5e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.25 
 
 
341 aa  342  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0256159  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6477  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.96 
 
 
341 aa  341  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1707  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.24 
 
 
327 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000370081  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.53 
 
 
333 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.45 
 
 
338 aa  331  9e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0285608  normal  0.325568 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5557  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.61 
 
 
328 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.621423  normal  0.0366433 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.29 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0910485  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1683  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.29 
 
 
327 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000273599  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5699  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  48.16 
 
 
327 aa  325  9e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0252968  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
330 aa  323  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.394023  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.3 
 
 
328 aa  322  4e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.3 
 
 
328 aa  322  4e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.87 
 
 
328 aa  319  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00290712 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.83 
 
 
328 aa  318  7e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00209232  normal  0.0480066 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 
328 aa  316  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.687314  normal  0.260687 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.73 
 
 
329 aa  301  1e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5516  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.93 
 
 
328 aa  301  1e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.472347  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3684  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.29 
 
 
342 aa  300  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.400561 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.71 
 
 
330 aa  295  9e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
327 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
322 aa  258  1e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.161485  normal  0.148489 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.94 
 
 
328 aa  255  7e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.111848  normal  0.36544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2111  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
328 aa  252  8.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.2949  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
327 aa  243  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.53 
 
 
327 aa  241  1e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.772391  normal  0.978149 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4141  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
337 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.633745 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6876  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.51 
 
 
335 aa  228  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0537311  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5118  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide )  38.69 
 
 
337 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296521  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5906  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
335 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.188987  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
323 aa  213  3.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 
326 aa  201  9.999999999999999e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00111488  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
321 aa  195  8.000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0231928  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
321 aa  195  9e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000859188  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.34 
 
 
321 aa  192  5e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.34 
 
 
321 aa  192  5e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4598  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
319 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.930375  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
319 aa  186  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
332 aa  186  7e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00733957  hitchhiker  0.00049009 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1434  peptide ABC transporter, permease protein  35.26 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.393954  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2266  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2317  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.766968 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
328 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00108438  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
328 aa  181  2e-44  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000323084  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2797  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
319 aa  180  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2257  oligopeptide ABC transporter, permease component  31.72 
 
 
321 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
334 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
319 aa  179  7e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.512992 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2554  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  31.72 
 
 
321 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1235  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.74 
 
 
333 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391976  normal  0.26803 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
325 aa  176  4e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.169122  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
322 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
358 aa  175  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0891876 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0249  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.4 
 
 
318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0210  oligopeptide ABC transporter, permease  31.4 
 
 
318 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0232  oligopeptide ABC transporter permease protein  31.4 
 
 
318 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1012  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.79 
 
 
320 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0445446  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.79 
 
 
320 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
325 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0267  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.01 
 
 
318 aa  172  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0569  oligopeptide ABC transporter, permease  32.32 
 
 
321 aa  171  1e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  31.08 
 
 
313 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0776  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  31.82 
 
 
320 aa  170  3e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000429836  hitchhiker  0.000000000000473305 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5079  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.79 
 
 
318 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.823719  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0219  oligopeptide ABC transporter permease  31.23 
 
 
307 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0242  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.23 
 
 
307 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0726  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 
322 aa  169  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0625  oligopeptide ABC transporter permease  31.31 
 
 
322 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0895389  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0787  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 
322 aa  169  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0568  oligopeptide ABC transporter, permease  31.31 
 
 
322 aa  169  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0658  oligopeptide ABC transporter permease protein  31.31 
 
 
322 aa  169  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.975917  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0715  oligopeptide ABC transporter, permease protein  31.31 
 
 
322 aa  169  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000364541 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0206  oligopeptide ABC transporter, permease  30.79 
 
 
318 aa  168  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0004  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.13 
 
 
320 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.101832  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0779  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
313 aa  168  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
318 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
322 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0209  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
318 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.93 
 
 
322 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
331 aa  166  4e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0246  oligopeptide ABC transporter, permease protein  30.6 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0542782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.205475 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.75386 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2643  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
326 aa  163  3e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
321 aa  162  8.000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.181911  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2322  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  32.11 
 
 
348 aa  161  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
335 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299286  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  31.23 
 
 
324 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
351 aa  160  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.61865 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
353 aa  159  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
321 aa  159  7e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0351  peptide ABC transporter, permease protein  29.27 
 
 
319 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>