225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3259 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3259  hypothetical protein  100 
 
 		 259 aa  533  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.990579  normal  0.190994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2435  hypothetical protein  64.57 
 
 		 272 aa  348  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.834577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1723  hypothetical protein  63.28 
 
 		 266 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0366  hypothetical protein  63.28 
 
 		 266 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0274  hypothetical protein  63.28 
 
 		 266 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1880  hypothetical protein  62.89 
 
 		 266 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0893  hypothetical protein  62.89 
 
 		 266 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1179  hypothetical protein  62.89 
 
 		 266 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2156  hypothetical protein  62.89 
 
 		 266 aa  333  2e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4577  hypothetical protein  59.07 
 
 		 277 aa  322  4e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00594696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0130  hypothetical protein  58.59 
 
 		 275 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5865  hypothetical protein  60.87 
 
 		 258 aa  317  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0005  hypothetical protein  58.87 
 
 		 270 aa  312  3.9999999999999997e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.76896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0595  hypothetical protein  59.59 
 
 		 252 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06420  hypothetical protein  59.18 
 
 		 252 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.155687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0369  hypothetical protein  61.75 
 
 		 260 aa  305  6e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.244738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6280  hypothetical protein  61.75 
 
 		 260 aa  304  9.000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2920  hypothetical protein  56.28 
 
 		 252 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.9923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2951  hypothetical protein  60.96 
 
 		 260 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2862  hypothetical protein  56.28 
 
 		 252 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.191254  normal  0.477951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2118  hypothetical protein  55.87 
 
 		 252 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0624243  normal  0.300984 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2722  hypothetical protein  56.33 
 
 		 251 aa  298  5e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2772  hypothetical protein  55.06 
 
 		 252 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2936  LamB/YcsF family protein  55.1 
 
 		 251 aa  289  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.597487  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2385  hypothetical protein  55.02 
 
 		 264 aa  284  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.707785  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2481  hypothetical protein  53.01 
 
 		 260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  45.38 
 
 		 257 aa  222  6e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  42 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  43.32 
 
 		 254 aa  206  3e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4034  LamB/YcsF family protein  40.71 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  41.6 
 
 		 254 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  39.68 
 
 		 252 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  42.52 
 
 		 304 aa  195  6e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  42.86 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  41.04 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  40.87 
 
 		 254 aa  194  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  41.41 
 
 		 261 aa  192  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  40.4 
 
 		 255 aa  193  3e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  40.24 
 
 		 255 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  40.4 
 
 		 254 aa  191  8e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  37.85 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  38.87 
 
 		 250 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  40 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  0.0000126458 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  41.83 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  41.83 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  41.83 
 
 		 254 aa  190  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  39.29 
 
 		 252 aa  188  5.999999999999999e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  40.89 
 
 		 253 aa  188  8e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  42.98 
 
 		 255 aa  188  9e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  38.37 
 
 		 258 aa  187  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  40.82 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  40.5 
 
 		 254 aa  186  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  40.55 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  41.34 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  40.94 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  40 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2634  LamB/YcsF family protein  40 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.412357  decreased coverage  0.0000404715 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  40.94 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  38.58 
 
 		 257 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  40.08 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  38.15 
 
 		 254 aa  184  9e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  40.31 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  41.43 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  38.87 
 
 		 254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  39.27 
 
 		 255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  39.27 
 
 		 255 aa  183  3e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5814  LamB/YcsF family protein  39.45 
 
 		 257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.0676141 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  39.68 
 
 		 253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  39.68 
 
 		 252 aa  182  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  38.87 
 
 		 255 aa  182  6e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  38.91 
 
 		 258 aa  182  6e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  37.35 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  37.7 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3558  LamB/YcsF family protein  41.77 
 
 		 255 aa  180  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2592  LamB/YcsF family protein  37.25 
 
 		 256 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  38.96 
 
 		 251 aa  180  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  38.58 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  38.06 
 
 		 254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  37.3 
 
 		 253 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  37.3 
 
 		 253 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  36.95 
 
 		 253 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  37.9 
 
 		 250 aa  178  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  37.9 
 
 		 250 aa  178  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0986  lactam utilization protein B related protein  37.65 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.105947  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  36.95 
 
 		 253 aa  177  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  41.5 
 
 		 256 aa  177  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1451  LamB/YcsF family protein  40.64 
 
 		 252 aa  177  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  40.73 
 
 		 251 aa  176  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  38.46 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  39.22 
 
 		 257 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  36.55 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  39.68 
 
 		 250 aa  176  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  38.72 
 
 		 260 aa  175  6e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  40.56 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  37.8 
 
 		 253 aa  175  6e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  36.76 
 
 		 264 aa  175  7e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5021  LamB/YcsF family protein  37.4 
 
 		 260 aa  175  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0831182 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  36.9 
 
 		 253 aa  175  8e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2917  LamB/YcsF family protein  38.98 
 
 		 256 aa  174  9e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7659  LamB/YcsF family protein  37.8 
 
 		 255 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.54081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>