142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2933 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2933  hypothetical protein  100 
 
 		 239 aa  491  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.350772  normal  0.525072 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2250  hypothetical protein  50.21 
 
 		 249 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.478876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17600  ferredoxin  33.04 
 
 		 217 aa  102  8e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4568  hypothetical protein  36.36 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1599  hypothetical protein  39.22 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1013  hypothetical protein  37.74 
 
 		 118 aa  65.5  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436912  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  30.85 
 
 		 595 aa  64.7  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  32.67 
 
 		 597 aa  63.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0279  putative ferredoxin 2fe-2s protein  34.34 
 
 		 105 aa  63.2  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.444839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0078  hypothetical protein  35.34 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2139  NADH dehydrogenase (quinone)  30.3 
 
 		 596 aa  62.4  0.000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.306565  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03740  putative ferredoxin protein  39.39 
 
 		 109 aa  62  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2704  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 603 aa  60.8  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.910602  normal  0.0334637 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2152  hypothetical protein  36.08 
 
 		 116 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.049564 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1652  NADH dehydrogenase (quinone)  28.45 
 
 		 569 aa  59.7  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0208295  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3789  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  39.73 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.040957  normal  0.896833 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2292  hypothetical protein  35.05 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3802  ferredoxin-like  33.04 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000235689  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 572 aa  58.5  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0341  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 		 597 aa  58.5  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.024737  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_635  [Fe] hydrogenase, HymB subunit  31.11 
 
 		 626 aa  57.8  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2766  hypothetical protein  35.05 
 
 		 117 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.906138  normal  0.115271 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3095  ferredoxin, 2fe-2s  45.71 
 
 		 100 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0661  NADH dehydrogenase (quinone)  31.11 
 
 		 623 aa  57.8  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.435318  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0729  [Fe] hydrogenase, HymB subunit, putative  31.03 
 
 		 623 aa  57.4  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1031  ferredoxin, 2Fe-2S  35.06 
 
 		 102 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1252  ferredoxin, 2Fe-2S  35.71 
 
 		 102 aa  56.6  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00000010791  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  28.72 
 
 		 596 aa  56.2  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2884  hypothetical protein  30.38 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.954473  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0408  ferredoxin-like protein  30.3 
 
 		 105 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920183  normal  0.0133619 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1149  ferredoxin, 2Fe-2S  28.57 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.206142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1060  cob(I)alamin adenosyltransferase  31.91 
 
 		 343 aa  55.1  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  25 
 
 		 597 aa  55.1  0.0000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6238  ferredoxin-like  29.29 
 
 		 105 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2332  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  31.73 
 
 		 117 aa  54.7  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1957  ferredoxin, 2Fe-2S  35.71 
 
 		 102 aa  54.7  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1738  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  32.69 
 
 		 114 aa  54.3  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0378  ferredoxin, 2Fe-2S  29.13 
 
 		 105 aa  54.3  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4220  putative ferredoxin  29.13 
 
 		 107 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.377475 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2281  ferredoxin-like  29.29 
 
 		 105 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0554  ferredoxin, 2Fe-2S  34.29 
 
 		 102 aa  53.9  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.279264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2896  ferredoxin-like protein  29.29 
 
 		 105 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0123566  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1014  ferredoxin, 2fe-2s  37.14 
 
 		 106 aa  53.9  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0974998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0736  ferredoxin, 2Fe-2S  34.69 
 
 		 102 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0451  hypothetical protein  33.67 
 
 		 115 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.419137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0486  hypothetical protein  33.67 
 
 		 115 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00104952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  27.78 
 
 		 597 aa  53.9  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2905  ferredoxin-like protein  29.29 
 
 		 105 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1759  ferredoxin, 2Fe-2S  30 
 
 		 103 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.370583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1635  ferredoxin, 2Fe-2S  31.31 
 
 		 103 aa  54.3  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000676986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5882  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  31.53 
 
 		 120 aa  53.5  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141586  normal  0.60259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0383  ferredoxin-like protein  33.33 
 
 		 124 aa  53.1  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  29.17 
 
 		 677 aa  52.8  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  26.32 
 
 		 572 aa  52.8  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2621  putative ferredoxin  32.58 
 
 		 132 aa  52.8  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1965  putative ferredoxin 2fe-2s protein  30.53 
 
 		 102 aa  52.4  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4235  ferredoxin-like protein  32.73 
 
 		 131 aa  52.4  0.000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.319117 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0210  putative ferredoxin  28 
 
 		 107 aa  52.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2945  ferredoxin-like protein  28.28 
 
 		 105 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2553  ferredoxin-like protein  30.1 
 
 		 134 aa  52  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.218223  normal  0.835229 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2807  ferredoxin-like protein  28.28 
 
 		 105 aa  52  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.46384 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0047  ferredoxin, 2Fe-2S  32.93 
 
 		 103 aa  51.2  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000617447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0195  ferredoxin-like protein  34.02 
 
 		 123 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00894898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0496  putative ferredoxin  27.18 
 
 		 107 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697276  normal  0.0196936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2650  putative ferredoxin  33.33 
 
 		 112 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.342281  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0617  ferredoxin, 2Fe-2S  27.18 
 
 		 105 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1043  Fe2-S2-type ferredoxin  28.87 
 
 		 104 aa  50.8  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0741515  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2160  NADH dehydrogenase (quinone)  24.75 
 
 		 562 aa  51.2  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0757022  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0436  ferredoxin, putative  27.36 
 
 		 109 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.547731  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0455  ferredoxin family protein  27.36 
 
 		 109 aa  50.4  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268265  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2790  ferredoxin, 2Fe-2S  31.25 
 
 		 101 aa  50.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000127071  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0677  ferredoxin, 2Fe-2S  36.62 
 
 		 102 aa  50.4  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0379471  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1397  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 		 597 aa  51.2  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0209404  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2744  putative ferredoxin  33.33 
 
 		 112 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0673585  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1216  putative ferredoxin  33.33 
 
 		 112 aa  50.1  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0000529372  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0566  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  29.03 
 
 		 108 aa  50.1  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1150  ferredoxin, 2Fe-2S  33.72 
 
 		 100 aa  49.7  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0191  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  26.47 
 
 		 109 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.392497 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0149  NADH dehydrogenase (quinone)  25 
 
 		 596 aa  49.7  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2804  NADH dehydrogenase (quinone)  28.74 
 
 		 636 aa  49.7  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.260588 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0913  NADH dehydrogenase (quinone)  25 
 
 		 607 aa  49.7  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  24.47 
 
 		 602 aa  49.7  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0935  NADH dehydrogenase (quinone)  25 
 
 		 607 aa  49.7  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3574  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  28.85 
 
 		 110 aa  49.7  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0548526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0185  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  25.49 
 
 		 109 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.808943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1298  NADH dehydrogenase (quinone)  29.17 
 
 		 598 aa  49.3  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4923  ferredoxin-like protein  30.09 
 
 		 117 aa  49.3  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00479937  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2763  hypothetical protein  27.27 
 
 		 105 aa  48.9  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0157  NADH dehydrogenase (quinone)  30.48 
 
 		 626 aa  48.9  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0309  putative ferredoxin  31.63 
 
 		 107 aa  48.9  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000885612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0248  ferredoxin-like  30.3 
 
 		 124 aa  48.5  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000208905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1450  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  27.59 
 
 		 636 aa  48.5  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101445  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3881  Fe2-S2-type ferredoxin  32.65 
 
 		 107 aa  48.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3654  putative ferredoxin  31.63 
 
 		 106 aa  48.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0180511 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1536  ferredoxin, 2Fe-2S  29.29 
 
 		 102 aa  48.5  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0227  ferredoxin-like protein  25.25 
 
 		 134 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0265  ferredoxin-like protein  30.69 
 
 		 113 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00274721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0330  ferredoxin-like protein  31.58 
 
 		 116 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0352386 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0270  ferredoxin-like protein  30.69 
 
 		 113 aa  47.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.333307  hitchhiker  0.00000159951 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3291  NADH dehydrogenase (quinone)  26.97 
 
 		 575 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>