172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03740 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03740  putative ferredoxin protein  100 
 
 		 109 aa  228  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0078  hypothetical protein  49.51 
 
 		 130 aa  110  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2766  hypothetical protein  53.85 
 
 		 117 aa  110  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.906138  normal  0.115271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2152  hypothetical protein  51.52 
 
 		 116 aa  108  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.049564 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2292  hypothetical protein  51.96 
 
 		 107 aa  107  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0451  hypothetical protein  49.06 
 
 		 115 aa  105  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.419137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0486  hypothetical protein  49.06 
 
 		 115 aa  105  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00104952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1013  hypothetical protein  51.02 
 
 		 118 aa  101  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436912  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1060  cob(I)alamin adenosyltransferase  41.96 
 
 		 343 aa  89  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3087  ferredoxin-like protein  40.91 
 
 		 114 aa  83.6  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2249  ferredoxin-like protein  39.6 
 
 		 112 aa  80.1  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0215756 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13331  ferredoxin  30.1 
 
 		 116 aa  74.7  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1240  hypothetical protein  30.1 
 
 		 116 aa  73.9  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.264349  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13181  ferredoxin  30.19 
 
 		 113 aa  73.6  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.034163  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3789  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  43.37 
 
 		 273 aa  73.2  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.040957  normal  0.896833 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0898  ferredoxin like protein  43.75 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.216667  hitchhiker  0.00626821 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1748  ferredoxin  36.79 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1475  ferredoxin, 2Fe-2s  37.5 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0703  ferredoxin 2fe-2s  37.5 
 
 		 132 aa  68.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000267477  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2882  Ferredoxin-like protein  33.33 
 
 		 178 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4568  hypothetical protein  40.54 
 
 		 241 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1867  ferredoxin, 2Fe-2S, putative  35.92 
 
 		 120 aa  67  0.00000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1971  putative ferredoxin like protein  32.11 
 
 		 120 aa  67.4  0.00000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.384537  normal  0.255445 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0688  putative ferredoxin like protein  29.81 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.550413  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3470  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  41.25 
 
 		 408 aa  65.5  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3574  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  36.08 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0548526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1581  ferredoxin-like protein  34.95 
 
 		 158 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1606  Ferredoxin-like protein  34.95 
 
 		 158 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0183  ferredoxin-like  37.63 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0341  NADH dehydrogenase (quinone)  38.71 
 
 		 597 aa  64.3  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.024737  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12171  ferredoxin  26.21 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.745288 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08641  ferredoxin  33.33 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2233  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  33.33 
 
 		 597 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17600  ferredoxin  37.08 
 
 		 217 aa  63.5  0.0000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2839  ferredoxin, putative  36.08 
 
 		 105 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3238  ferredoxin, putative  36.08 
 
 		 105 aa  63.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0554  ferredoxin, 2Fe-2S  32.61 
 
 		 102 aa  62.4  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.279264 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0173  NADH dehydrogenase (quinone)  37.37 
 
 		 597 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1866  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  39.24 
 
 		 410 aa  62.4  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156211  normal  0.343639 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2933  hypothetical protein  39.39 
 
 		 239 aa  62  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.350772  normal  0.525072 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1014  ferredoxin, 2fe-2s  34.58 
 
 		 106 aa  62  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0974998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3830  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  29.41 
 
 		 677 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1338  NADH dehydrogenase (quinone)  35.05 
 
 		 572 aa  61.6  0.000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0978  putative ferredoxin 2fe-2s protein  33 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.76385  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1738  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  36.08 
 
 		 114 aa  60.1  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2332  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  35.37 
 
 		 117 aa  60.1  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1170  NADH dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 		 602 aa  59.7  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3804  NADH dehydrogenase (quinone)  31.96 
 
 		 595 aa  58.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2139  NADH dehydrogenase (quinone)  36.17 
 
 		 596 aa  59.3  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.306565  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5882  ferredoxin, 2Fe-2S (AaFd4)  35.9 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141586  normal  0.60259 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1149  ferredoxin, 2Fe-2S  34.69 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.206142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2243  ferredoxin, 2Fe-2S  34.65 
 
 		 103 aa  58.2  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.600015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0496  putative ferredoxin  33.98 
 
 		 107 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.697276  normal  0.0196936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2250  hypothetical protein  38.14 
 
 		 249 aa  57.8  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.478876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2553  ferredoxin-like protein  37.37 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.218223  normal  0.835229 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0256  ferredoxin, 2Fe-2S  35 
 
 		 108 aa  57.4  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0278  putative ferredoxin  34.86 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0134  ferredoxin-like  31.31 
 
 		 133 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0257718 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1652  NADH dehydrogenase (quinone)  34.65 
 
 		 569 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0208295  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1031  ferredoxin, 2Fe-2S  35.48 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1544  cobalamin biosynthesis protein  34.07 
 
 		 132 aa  57  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000172784  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1539  hypothetical protein  36.46 
 
 		 110 aa  57  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.635417 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2650  putative ferredoxin  38.38 
 
 		 112 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.342281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0185  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  33.64 
 
 		 109 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.808943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1043  Fe2-S2-type ferredoxin  34.38 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0741515  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0099  NADH dehydrogenase (quinone)  33.67 
 
 		 597 aa  56.6  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.953797  hitchhiker  0.000000556523 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1216  putative ferredoxin  38.38 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0000529372  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4220  putative ferredoxin  33.98 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.377475 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4000  ferredoxin-like protein  34.41 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000000776711 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0191  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  33.64 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.392497 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2744  putative ferredoxin  38.38 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0673585  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0210  putative ferredoxin  32.35 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0624  NADH dehydrogenase (quinone)  29.29 
 
 		 614 aa  55.8  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000168904  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4470  hypothetical protein  25.84 
 
 		 121 aa  55.1  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.295194  normal  0.0572132 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2896  ferredoxin-like protein  32.32 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0123566  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0845  NADH dehydrogenase (quinone)  32.74 
 
 		 572 aa  55.1  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2621  putative ferredoxin  33.33 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0988  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.91 
 
 		 410 aa  55.1  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3291  NADH dehydrogenase (quinone)  31.58 
 
 		 575 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0566  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  32.04 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0408  ferredoxin-like protein  32.32 
 
 		 105 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.920183  normal  0.0133619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2281  ferredoxin-like  32.32 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0047  ferredoxin, 2Fe-2S  34 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000617447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0919  NADH dehydrogenase (quinone)  37.08 
 
 		 596 aa  55.1  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1150  ferredoxin, 2Fe-2S  35.35 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0195  ferredoxin-like protein  30.1 
 
 		 123 aa  54.3  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00894898  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2763  hypothetical protein  29.25 
 
 		 105 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2905  ferredoxin-like protein  32.32 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6238  ferredoxin-like  31.31 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0329  putative ferredoxin 2FE-2S protein  34 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.782832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0213  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  31.87 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.348097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1965  putative ferredoxin 2fe-2s protein  34.41 
 
 		 102 aa  53.5  0.0000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1298  NADH dehydrogenase (quinone)  36.84 
 
 		 598 aa  53.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3654  putative ferredoxin  34.38 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0180511 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1394  putative ferredoxin 2Fe-2S protein  32.35 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2807  ferredoxin-like protein  31.31 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.46384 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2884  hypothetical protein  32.63 
 
 		 226 aa  53.1  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.954473  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2790  ferredoxin, 2Fe-2S  34.95 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000127071  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  34.07 
 
 		 610 aa  53.1  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4158  Fe2-S2-type ferredoxin  31 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>