More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1645 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1645  resolvase-like protein  100 
 
 		 213 aa  433  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  49.06 
 
 		 184 aa  144  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  49.69 
 
 		 184 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  47.8 
 
 		 193 aa  143  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  47.17 
 
 		 189 aa  141  9e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  43.02 
 
 		 185 aa  138  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  41.54 
 
 		 188 aa  138  6e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  46.88 
 
 		 193 aa  137  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  44.65 
 
 		 188 aa  137  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  46.79 
 
 		 199 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  44.38 
 
 		 203 aa  136  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  42.57 
 
 		 197 aa  136  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  48.7 
 
 		 189 aa  135  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  47.77 
 
 		 187 aa  135  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  44.92 
 
 		 209 aa  135  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  46.25 
 
 		 201 aa  135  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  46.88 
 
 		 197 aa  135  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  46.15 
 
 		 186 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  46.5 
 
 		 189 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  46.88 
 
 		 188 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  45.91 
 
 		 185 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  46.54 
 
 		 185 aa  133  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  44.38 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  45.96 
 
 		 182 aa  132  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  47.17 
 
 		 191 aa  133  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  47.17 
 
 		 191 aa  133  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  44.38 
 
 		 190 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  44.38 
 
 		 187 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  46.88 
 
 		 193 aa  132  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  40.31 
 
 		 198 aa  131  6e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  45.91 
 
 		 185 aa  132  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  41.21 
 
 		 184 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  40.88 
 
 		 188 aa  128  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  44.65 
 
 		 185 aa  129  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  38.07 
 
 		 201 aa  128  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  45.81 
 
 		 219 aa  128  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  39.58 
 
 		 191 aa  127  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  45.27 
 
 		 201 aa  126  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  46.84 
 
 		 194 aa  126  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1397  invertase/recombinase like protein  40.12 
 
 		 176 aa  125  5e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  41.08 
 
 		 188 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  40.53 
 
 		 188 aa  125  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  44.65 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  40 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  44.65 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  45.33 
 
 		 192 aa  124  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  46.49 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  42.35 
 
 		 214 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  40.32 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  40.32 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  40.32 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  43.56 
 
 		 194 aa  123  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  41.4 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  45.7 
 
 		 307 aa  122  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  45.7 
 
 		 307 aa  122  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  45.39 
 
 		 183 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  45.39 
 
 		 183 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  45.27 
 
 		 203 aa  121  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  38.8 
 
 		 186 aa  121  9e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2668  helix-turn-helix, Fis-type  43.16 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00804941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  41.25 
 
 		 181 aa  120  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  46.21 
 
 		 197 aa  120  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  46.21 
 
 		 309 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  45.86 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1568  helix-turn-helix, Fis-type  43.16 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  46.21 
 
 		 197 aa  120  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1093  Resolvase domain  42.35 
 
 		 196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.531001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  46.54 
 
 		 184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0149  resolvase  39.67 
 
 		 189 aa  118  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  41.58 
 
 		 201 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01209  bacteriocin production protein  38.27 
 
 		 198 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1206  Resolvase domain protein  36.51 
 
 		 186 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  41.51 
 
 		 189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  46.45 
 
 		 209 aa  115  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  42.78 
 
 		 197 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  41 
 
 		 195 aa  115  6e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D15  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  43.21 
 
 		 184 aa  114  6.9999999999999995e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1494  resolvase-like protein  37.63 
 
 		 186 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.493325 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2144  Resolvase domain protein  39.44 
 
 		 196 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3694  resolvase domain-containing protein  42.08 
 
 		 206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0053  transposon Tn21 resolvase  36.84 
 
 		 186 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4128  Resolvase domain protein  43.48 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4319  resolvase domain-containing protein  36.84 
 
 		 186 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4473  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  35.98 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0992302  decreased coverage  0.00348712 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4599  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  35.98 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000321893  hitchhiker  0.00456228 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6782  resolvase domain-containing protein  46.2 
 
 		 184 aa  112  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.504828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15430  putative resolvase, essential for transposition  35.98 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  7.34084e-16  unclonable  6.55355e-22 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3562  resolvase domain-containing protein  39 
 
 		 208 aa  111  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3464  resolvase domain-containing protein  36.79 
 
 		 185 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  37.97 
 
 		 194 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  37.97 
 
 		 194 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4026  resolvase domain-containing protein  46.81 
 
 		 298 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.884346  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  42.5 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  42.5 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5459  resolvase domain-containing protein  40 
 
 		 190 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.358499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  42.5 
 
 		 197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6785  resolvase domain-containing protein  45.57 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0037  transposon Tn21 resolvase  36.27 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.335597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2680  resolvase domain-containing protein  36.27 
 
 		 185 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3683  resolvase domain-containing protein  43.5 
 
 		 215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>