276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0157 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0157  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 107 aa  209  7.999999999999999e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4202  ArsR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 106 aa  89.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5579  ArsR family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 105 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1914  ArsR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 105 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3598  ArsR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 102 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1584  ArsR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0201  hypothetical protein  38.95 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3421  regulatory protein, ArsR  43.18 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.993799  normal  0.836004 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3653  ArsR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 111 aa  80.5  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.0510455 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1969  ArsR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 123 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.409098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0519  ArsR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 105 aa  78.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  hitchhiker  0.00250368 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001377  transcriptional regulator ArsR family  36.84 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000883282  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2453  ArsR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 96 aa  78.2  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.463761  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05266  hypothetical protein  36.46 
 
 		 97 aa  78.2  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4432  ArsR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 105 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1852  transcriptional regulator, ArsR family  43.48 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.012438  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0101  regulatory protein ArsR  41.3 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1979  transcriptional regulator, ArsR family  39.58 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.40138  normal  0.199004 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3987  ArsR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3577  transcriptional regulator, ArsR family  42.11 
 
 		 107 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.919618 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0928  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 99 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2514  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0122169 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3796  ArsR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 106 aa  73.9  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.315297 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2347  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 109 aa  73.2  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1346  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 		 107 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.123906  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1499  ArsR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 103 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30700  Regulatory protein, ArsR family  41.3 
 
 		 113 aa  73.2  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.263428  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1580  regulatory protein, ArsR  36.96 
 
 		 109 aa  72.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1218  regulatory protein, ArsR  38.04 
 
 		 100 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4074  transcriptional regulator, ArsR family  39.13 
 
 		 118 aa  72  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00570943  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5343  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0148  ArsR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1962  putative transcriptional regulator, ArsR family  38.95 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.166956  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0654  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 		 109 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.153505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0502  ArsR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3822  regulatory protein, ArsR  35.79 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2337  ArsR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860485  normal  0.0718048 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1908  regulatory protein ArsR  40.22 
 
 		 120 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3941  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.13 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.164761 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5705  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 113 aa  70.1  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0927566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5675  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 113 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.69545  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1129  putative arsenical resistance operon repressor transcription regulator protein  40 
 
 		 107 aa  70.1  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.997144 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2339  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 114 aa  70.1  0.000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.479129  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2515  putative transcriptional regulator, ArsR family protein  31.96 
 
 		 97 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.484851  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1253  transcriptional regulator  39.13 
 
 		 287 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0585398  normal  0.522722 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1046  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 119 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5676  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.225709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3254  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 106 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3468  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 114 aa  69.3  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4055  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77885 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2289  ArsR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 109 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5721  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 		 119 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3055  ArsR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.572382  normal  0.538726 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2392  transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 		 117 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0587  putative transcriptional regulator  42.68 
 
 		 114 aa  67.8  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2830  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.13 
 
 		 108 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4893  regulatory protein ArsR  37.63 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.482901 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2318  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 114 aa  67  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3667  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 109 aa  67  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1486  ArsR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.586403  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02582  hypothetical protein  37.65 
 
 		 98 aa  67  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01497  hypothetical protein  37.65 
 
 		 98 aa  67  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0487  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1138  ArsR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4382  ArsR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0205  transcriptional regulator, ArsR family  34.78 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.397651 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1788  ArsR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 123 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0212653 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1388  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0619  ArsR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 113 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2641  ArsR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.455046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2730  ArsR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.636967  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08198  ArsR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 98 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862808  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2159  transcriptional regulator, ArsR family  34.78 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.522465 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1388  regulatory protein, ArsR  36.46 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.434154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1280  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 120 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.514491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3119  transcriptional regulator, TrmB  35.11 
 
 		 124 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.763432  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3121  ArsR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2811  regulatory protein, ArsR  40.26 
 
 		 123 aa  64.3  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7180  transcriptional regulator, ArsR family  33.7 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2587  regulatory protein, ArsR  39.8 
 
 		 117 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.344462  normal  0.176164 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1925  putative transcriptional regulator, ArsR family  33.33 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1466  ArsR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1378  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0219707 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2244  ArsR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908668  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1493  ArsR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 284 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.477239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2403  ArsR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0656384  normal  0.0239718 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0952  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6064  transcriptional regulator ArsR family  33.7 
 
 		 123 aa  63.5  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2541  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 117 aa  63.5  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.101096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1348  ArsR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 114 aa  63.5  0.0000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208543  normal  0.0554096 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2190  arsenic resistance transcriptional regulator  33.7 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2414  transcriptional regulator, ArsR family  33.7 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.203968 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5376  ArsR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.563741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4173  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 		 119 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00372298  normal  0.543364 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2124  arsenic resistance transcriptional regulator  33.7 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00138716  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4966  ArsR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0602085  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3194  ArsR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1441  regulatory protein ArsR  41.46 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3342  regulatory protein, ArsR  38.71 
 
 		 120 aa  62  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1406  regulatory protein, ArsR  35.87 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.1545  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>