295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3421 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3421  regulatory protein, ArsR  100 
 
 		 105 aa  217  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.993799  normal  0.836004 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1969  ArsR family transcriptional regulator  93.33 
 
 		 123 aa  202  1e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.409098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4432  ArsR family transcriptional regulator  72.38 
 
 		 105 aa  164  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5579  ArsR family transcriptional regulator  65.71 
 
 		 105 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4202  ArsR family transcriptional regulator  60 
 
 		 106 aa  133  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124359  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0519  ArsR family transcriptional regulator  60.42 
 
 		 105 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  hitchhiker  0.00250368 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1914  ArsR family transcriptional regulator  55.79 
 
 		 105 aa  108  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0148  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 107 aa  107  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3987  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 98 aa  105  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3796  ArsR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.315297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3598  ArsR family transcriptional regulator  54.26 
 
 		 102 aa  103  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1499  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0928  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 99 aa  101  4e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0502  ArsR family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 111 aa  99.8  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0201  hypothetical protein  52.13 
 
 		 101 aa  99.8  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2453  ArsR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 96 aa  99  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.463761  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3822  regulatory protein, ArsR  44.68 
 
 		 95 aa  97.1  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2337  ArsR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 95 aa  97.1  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.860485  normal  0.0718048 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001377  transcriptional regulator ArsR family  47.87 
 
 		 97 aa  97.1  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000883282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1218  regulatory protein, ArsR  45.16 
 
 		 100 aa  97.1  8e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2515  putative transcriptional regulator, ArsR family protein  43.16 
 
 		 97 aa  95.5  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.484851  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05266  hypothetical protein  46.81 
 
 		 97 aa  93.6  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0587  putative transcriptional regulator  48.1 
 
 		 114 aa  85.5  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0157  ArsR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 107 aa  80.9  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1388  ArsR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 113 aa  79  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1346  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.59 
 
 		 107 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.123906  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2514  ArsR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0122169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4079  transcriptional regulator, MarR family  45.56 
 
 		 118 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0764894  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0205  transcriptional regulator, ArsR family  38.95 
 
 		 110 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.397651 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1486  ArsR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 108 aa  76.3  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.586403  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5675  ArsR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 113 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.69545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5376  ArsR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 113 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.563741 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3941  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.81 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.164761 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5705  ArsR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 113 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0927566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4382  ArsR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 107 aa  74.7  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0560  arsenical resistance transcriptional regulator  38.04 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0253311  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0034  hypothetical protein  58.33 
 
 		 65 aa  73.9  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.10342  normal  0.220485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1788  ArsR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0212653 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0911  arsenical resistance transcriptional regulator  38.04 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2035  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5343  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 		 107 aa  73.6  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1129  putative arsenical resistance operon repressor transcription regulator protein  40.22 
 
 		 107 aa  72  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.997144 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0454  arsenical resistance transcriptional regulator  38.04 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17354  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2414  transcriptional regulator, ArsR family  39.33 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.203968 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2541  ArsR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 117 aa  72.8  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.101096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1940  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 227 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.714922  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3577  transcriptional regulator, ArsR family  37.5 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.919618 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3653  ArsR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.0510455 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4216  ArsR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2339  ArsR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 114 aa  70.9  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.479129  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4893  regulatory protein ArsR  40.48 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.482901 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3468  ArsR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2159  transcriptional regulator, ArsR family  40.96 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.522465 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0961  arsenical resistance transcriptional regulator  35.87 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7180  transcriptional regulator, ArsR family  37.89 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1852  transcriptional regulator, ArsR family  40.45 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.012438  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3055  ArsR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 106 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.572382  normal  0.538726 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1962  putative transcriptional regulator, ArsR family  36.96 
 
 		 105 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.166956  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1441  regulatory protein ArsR  44.05 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1138  ArsR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1424  ArsR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 158 aa  68.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.414948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3125  ArsR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 110 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3855  regulatory protein, ArsR  39.33 
 
 		 110 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2099  ArsR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 110 aa  69.3  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321507  normal  0.577048 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4966  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0602085  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3194  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1979  transcriptional regulator, ArsR family  38.3 
 
 		 104 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.40138  normal  0.199004 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2533  transcriptional regulator, ArsR family  38.2 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3254  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.13 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3119  transcriptional regulator, TrmB  39.77 
 
 		 124 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.763432  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6064  transcriptional regulator ArsR family  40.48 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1580  regulatory protein, ArsR  38.71 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2811  regulatory protein, ArsR  43.42 
 
 		 123 aa  67  0.00000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2830  putative transcriptional regulator, ArsR family  35.85 
 
 		 108 aa  67  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0526  ArsR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 276 aa  66.6  0.00000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.107472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0697  transcriptional regulator, ArsR family  37.36 
 
 		 120 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.729608 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3667  ArsR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 109 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6167  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.235116 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5676  ArsR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.225709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6561  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6330  ArsR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 111 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0761907 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2403  ArsR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 109 aa  64.7  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0656384  normal  0.0239718 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2641  ArsR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.455046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2244  ArsR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908668  normal  0.556973 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5601  ArsR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 111 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1584  ArsR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 108 aa  63.5  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5763  transcriptional regulator, ArsR family  43.06 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.834152 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08198  ArsR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862808  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30700  Regulatory protein, ArsR family  36.46 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.263428  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0304  ArsR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00443787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4425  ArsR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 155 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2392  transcriptional regulator, ArsR family  36.08 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02582  hypothetical protein  33.33 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3201  regulatory protein ArsR  40.48 
 
 		 119 aa  62.8  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3639  regulatory protein, ArsR  37.63 
 
 		 130 aa  62  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2318  ArsR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 114 aa  62  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0333  ArsR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 109 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4055  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.76 
 
 		 119 aa  62  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77885 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2841  ArsR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.268381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1280  ArsR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.514491  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>