More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4079 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4079  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 118 aa  241  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0764894  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5376  ArsR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 113 aa  92.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.563741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1388  ArsR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 113 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0205  transcriptional regulator, ArsR family  46.43 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.397651 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4893  regulatory protein ArsR  43.96 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.482901 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5721  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.45 
 
 		 119 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1908  regulatory protein ArsR  39.64 
 
 		 120 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6064  transcriptional regulator ArsR family  40 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0697  transcriptional regulator, ArsR family  41.18 
 
 		 120 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.729608 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1378  ArsR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 118 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0219707 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3421  regulatory protein, ArsR  45.56 
 
 		 105 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.993799  normal  0.836004 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0304  ArsR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 110 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00443787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1046  putative transcriptional regulator, ArsR family  43.37 
 
 		 119 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3136  regulatory protein, ArsR  41.82 
 
 		 119 aa  76.3  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.651925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7180  transcriptional regulator, ArsR family  43.37 
 
 		 108 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2339  ArsR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 114 aa  75.5  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.479129  normal  0.428363 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2414  transcriptional regulator, ArsR family  38 
 
 		 118 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.203968 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4432  ArsR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 105 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0522  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 119 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226567 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3468  ArsR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 114 aa  74.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1969  ArsR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.409098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5705  ArsR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 113 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0927566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3342  regulatory protein, ArsR  46.43 
 
 		 120 aa  73.9  0.0000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2035  ArsR family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 123 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6561  ArsR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 111 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4216  ArsR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 115 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1388  regulatory protein, ArsR  42.86 
 
 		 108 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.434154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1925  putative transcriptional regulator, ArsR family  37.25 
 
 		 118 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2730  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 108 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.636967  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0961  arsenical resistance transcriptional regulator  42.42 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3653  ArsR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.0510455 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1441  regulatory protein ArsR  47.56 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4966  ArsR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0602085  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6167  ArsR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.235116 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3194  ArsR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 111 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5675  ArsR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 113 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.69545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4055  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.96 
 
 		 119 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77885 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1406  regulatory protein, ArsR  45.78 
 
 		 110 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.1545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4202  ArsR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 106 aa  70.9  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124359  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1424  ArsR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.414948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3123  ArsR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 120 aa  70.9  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.550975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0166  regulatory protein, ArsR  43.3 
 
 		 113 aa  70.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.698937  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2453  ArsR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.463761  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1346  putative transcriptional regulator, ArsR family  42.17 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.123906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2515  putative transcriptional regulator, ArsR family protein  37.23 
 
 		 97 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.484851  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2514  ArsR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 127 aa  70.5  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0122169 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0911  arsenical resistance transcriptional regulator  44.58 
 
 		 123 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0560  arsenical resistance transcriptional regulator  44.58 
 
 		 111 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0253311  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6330  ArsR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 111 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0761907 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1852  transcriptional regulator, ArsR family  40.23 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.012438  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2392  transcriptional regulator, ArsR family  40 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0454  arsenical resistance transcriptional regulator  44.58 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17354  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1940  ArsR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.714922  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0148  ArsR family transcriptional regulator  39 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2159  transcriptional regulator, ArsR family  38.55 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679753  normal  0.522465 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1493  ArsR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 284 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.477239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2859  transcriptional regulator, ArsR  37 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.156895  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2480  transcriptional regulator, ArsR family  37 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5601  ArsR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 111 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0217  regulatory protein, ArsR  42 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1499  ArsR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 103 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3667  ArsR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 109 aa  68.6  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3639  regulatory protein, ArsR  42.86 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.380121 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2541  ArsR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 117 aa  68.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.101096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1486  ArsR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.586403  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0526  ArsR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 276 aa  67.4  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.107472 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1788  ArsR family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0212653 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3796  ArsR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 106 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.315297 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3987  ArsR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2641  ArsR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 112 aa  67  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.455046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3598  ArsR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 102 aa  67  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3125  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5579  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 105 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3201  regulatory protein ArsR  41.67 
 
 		 119 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4382  ArsR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3855  regulatory protein, ArsR  43.37 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001377  transcriptional regulator ArsR family  36.96 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000883282  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0619  ArsR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4074  transcriptional regulator, ArsR family  32.71 
 
 		 118 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00570943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3121  ArsR family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 108 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4173  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.57 
 
 		 119 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00372298  normal  0.543364 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05266  hypothetical protein  37.36 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3864  regulatory protein ArsR  39.62 
 
 		 119 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.325648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0519  ArsR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 105 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  hitchhiker  0.00250368 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1138  ArsR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2841  ArsR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.268381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5343  putative transcriptional regulator, ArsR family  37.5 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2587  regulatory protein, ArsR  44 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.344462  normal  0.176164 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0101  regulatory protein ArsR  40 
 
 		 114 aa  64.3  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2289  ArsR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 109 aa  64.7  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371607 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0928  ArsR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 99 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2099  ArsR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321507  normal  0.577048 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2140  ArsR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 117 aa  63.5  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0502  ArsR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 111 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5681  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.45 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.825179  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1129  putative arsenical resistance operon repressor transcription regulator protein  42.17 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.997144 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0201  hypothetical protein  37.36 
 
 		 101 aa  62  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0587  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 114 aa  62  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0851  ArsR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 129 aa  62  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.652014  hitchhiker  0.000014689 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2533  transcriptional regulator, ArsR family  39.56 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>