27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1228 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1228  signal transduction protein  100 
 
 		 145 aa  288  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.522863  normal  0.321089 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1914  hypothetical protein  43.75 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0629232  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1158  hypothetical protein  41.73 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.997381  normal  0.177058 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2120  putative signal transduction protein with EFhand domain  43.4 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3206  sulfatase  36 
 
 		 586 aa  45.4  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.338438  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3545  signal transduction protein  43.75 
 
 		 209 aa  45.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000138612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0271  Calcium-binding EF-hand-containing protein  38.57 
 
 		 130 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0508826 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2002  hypothetical protein  53.49 
 
 		 146 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3938  calcium-binding EF-hand-containing protein  30.85 
 
 		 202 aa  45.1  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3600  calcium-binding EF-hand-containing protein  30.85 
 
 		 202 aa  45.1  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.799604  normal  0.113193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1772  calcium-binding EF-hand  31.87 
 
 		 254 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.389103  normal  0.418687 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0175  calcium-binding EF-hand-containing protein  33.8 
 
 		 147 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.288154  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1114  hypothetical protein  44.68 
 
 		 153 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1626  Calcium-binding EF-hand-containing protein  34.78 
 
 		 162 aa  43.9  0.0007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2178  hypothetical protein  40 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0312897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1362  EF hand domain-containing protein  45.65 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0048155  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1986  putative signal peptide protein  35.06 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2148  calcium-binding EF-hand-containing protein  39.13 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5331  calcium-binding domain-containing protein  37.74 
 
 		 256 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0194602  normal  0.50977 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4339  putative signal transduction protein with EFhand domain  31.75 
 
 		 256 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.1378  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2277  calcium-binding EF-hand  48.78 
 
 		 155 aa  40.8  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677939  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2073  signal transduction protein  38.46 
 
 		 212 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0851765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03592  EF hand domain protein  32.1 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.306427  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3224  hypothetical protein  32.26 
 
 		 209 aa  40.4  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.916377  normal  0.185991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3298  hypothetical protein  46.51 
 
 		 218 aa  40  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0988  hypothetical protein  36.89 
 
 		 154 aa  40  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157087  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2384  hypothetical protein  28.75 
 
 		 163 aa  40  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190826 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>