32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2002 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2002  hypothetical protein  100 
 
 		 146 aa  294  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2397  EF hand domain-containing protein  79.14 
 
 		 218 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3298  hypothetical protein  79.63 
 
 		 218 aa  221  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.60947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0988  hypothetical protein  65.99 
 
 		 154 aa  189  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157087  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2853  hypothetical protein  54.04 
 
 		 173 aa  163  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652841  normal  0.16836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4832  hypothetical protein  56.03 
 
 		 135 aa  149  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.128133  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1502  hypothetical protein  44.32 
 
 		 160 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.387853  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1553  hypothetical protein  51.72 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.320055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2387  hypothetical protein  40.62 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000879292  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2551  hypothetical protein  33.62 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0760261  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1304  hypothetical protein  42.5 
 
 		 147 aa  49.3  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.281387  normal  0.0615794 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2007  hypothetical protein  34.09 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21570  hypothetical protein  47.3 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1836  hypothetical protein  43.59 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2241  hypothetical protein  45.21 
 
 		 146 aa  45.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000626898  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1009  calcium-binding EF-hand  29.79 
 
 		 201 aa  46.2  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2260  hypothetical protein  36.27 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00464022  normal  0.48524 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3389  putative signal transduction protein with EFhand domain  40.35 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2696  hypothetical protein  32.37 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3042  putative signal transduction protein with EFhand domain protein  40.35 
 
 		 205 aa  43.9  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.6189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1228  signal transduction protein  53.49 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.522863  normal  0.321089 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2332  hypothetical protein  33.33 
 
 		 143 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00550245  hitchhiker  0.00911187 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0223  hypothetical protein  43.14 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.893261  normal  0.0721241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0985  signal transduction protein  48.94 
 
 		 196 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2858  hypothetical protein  38.37 
 
 		 181 aa  41.2  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000291416 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2451  hypothetical protein  33.01 
 
 		 143 aa  40.8  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0669887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1763  hypothetical protein  32.61 
 
 		 143 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00142931  hitchhiker  0.00932404 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2580  hypothetical protein  32.61 
 
 		 143 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0433297  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2621  hypothetical protein  32.61 
 
 		 143 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00231504  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3104  putative calcium binding signal peptide protein  39.66 
 
 		 194 aa  40.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.801881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3380  signal transduction protein  34.67 
 
 		 209 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5773  hypothetical protein  41.86 
 
 		 109 aa  40  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>