47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2178 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2178  hypothetical protein  100 
 
 		 167 aa  333  5e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0312897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3135  calcium-binding EF-hand  42.75 
 
 		 164 aa  88.6  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.850385  normal  0.160414 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2073  signal transduction protein  43.14 
 
 		 212 aa  80.5  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0851765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0416  calcium-binding EF-hand domain-containing protein  42.16 
 
 		 218 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2341  signal transduction protein  43.9 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00164807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0991  calcium-binding EF-hand-containing protein  38.6 
 
 		 194 aa  60.8  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0245104  normal  0.296766 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03592  EF hand domain protein  36.61 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.306427  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0757  hypothetical protein  32.57 
 
 		 203 aa  57  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2384  hypothetical protein  26.43 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190826 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0950  signal transduction protein  33.58 
 
 		 242 aa  53.9  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2496  hypothetical protein  36.46 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3042  putative signal transduction protein with EFhand domain protein  34.38 
 
 		 205 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.6189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0488  calcium-binding EF-hand  32.58 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0133587  normal  0.146102 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3389  putative signal transduction protein with EFhand domain  34.38 
 
 		 205 aa  49.3  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1482  acid-shock protein  32.67 
 
 		 188 aa  48.9  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2148  calcium-binding EF-hand-containing protein  28.19 
 
 		 143 aa  48.9  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1110  hypothetical protein  35.11 
 
 		 187 aa  48.5  0.00004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.124565  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3104  putative calcium binding signal peptide protein  30.88 
 
 		 194 aa  47.8  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.801881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3600  calcium-binding EF-hand-containing protein  39.47 
 
 		 202 aa  47.8  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.799604  normal  0.113193 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3938  calcium-binding EF-hand-containing protein  39.47 
 
 		 202 aa  47.8  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2469  putative signal transduction protein with EFhand domain  32.74 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.356014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04858  EF hand domain protein  31.18 
 
 		 193 aa  46.6  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.269364  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3284  signal transduction protein  26.62 
 
 		 139 aa  45.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0725465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0835  EF hand domain protein  36.75 
 
 		 144 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4199  signal transduction protein  33.33 
 
 		 282 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0043  hypothetical protein  36.71 
 
 		 110 aa  45.1  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0382289 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1296  putative acid-shock protein  32.11 
 
 		 179 aa  44.3  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1336  acid-shock protein, putative  32.11 
 
 		 184 aa  44.3  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_52444  caltractin  25.58 
 
 		 192 aa  44.3  0.0008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.203781  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1228  signal transduction protein  40 
 
 		 145 aa  43.9  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.522863  normal  0.321089 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1114  hypothetical protein  33.96 
 
 		 153 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49728  predicted protein  29.01 
 
 		 522 aa  42.7  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0014684  normal  0.217653 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12351  hypothetical protein  35.44 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.337711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3545  signal transduction protein  31.88 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000138612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3380  signal transduction protein  35.23 
 
 		 209 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3224  hypothetical protein  31.73 
 
 		 209 aa  42.4  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.916377  normal  0.185991 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1266  calcium-binding EF-hand-containing protein  42.37 
 
 		 167 aa  42.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.567  normal  0.375458 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2216  hypothetical protein  33.68 
 
 		 239 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.785139  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4161  Calcium-binding EF-hand-containing protein  40 
 
 		 139 aa  42  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0564  hypothetical protein  33.68 
 
 		 239 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.98069  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4425  hypothetical protein  29.5 
 
 		 139 aa  41.6  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.503951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0064  Calcium-binding EF-hand-containing protein  31.2 
 
 		 213 aa  41.6  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.916763  normal  0.014453 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0795  Calcium-binding EF-hand-containing protein  33.33 
 
 		 396 aa  41.6  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.447265 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2228  hypothetical protein  36.49 
 
 		 208 aa  41.2  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.256936  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3230  signal transduction protein  35.71 
 
 		 99 aa  40.8  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.263542 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_40998  calmodulin  27.13 
 
 		 154 aa  40.8  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2375  calcium-binding EF-hand protein  47.73 
 
 		 169 aa  40.4  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>