182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6127 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6127  putative transposase  100 
 
 		 237 aa  490  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.682044  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9835  transposase  91.27 
 
 		 517 aa  437  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0706  integrase catalytic region  64.47 
 
 		 528 aa  315  5e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00978905  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1811  integrase catalytic subunit  47.6 
 
 		 510 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0410  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 		 514 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0752835  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0598  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 		 514 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1852  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 		 514 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.687265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2396  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 		 514 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483197  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3180  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 		 514 aa  207  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.150597  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4229  integrase catalytic subunit  45.26 
 
 		 514 aa  204  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0997  integrase catalytic subunit  44.4 
 
 		 514 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2256  integrase catalytic subunit  43.97 
 
 		 514 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1938  integrase catalytic subunit  45.02 
 
 		 512 aa  202  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.441696  normal  0.123274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0193  integrase catalytic subunit  44.4 
 
 		 514 aa  202  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1628  integrase catalytic subunit  44.4 
 
 		 514 aa  202  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2982  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 		 514 aa  202  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00424027  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2841  ISPsy14, transposase  43.72 
 
 		 504 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0126762  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3740  putative transposase  44.3 
 
 		 512 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3593  integrase catalytic subunit  44.49 
 
 		 513 aa  194  7e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  normal  0.454266 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0134  Integrase catalytic region  46.09 
 
 		 507 aa  194  8.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.53025 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1363  Integrase catalytic region  46.09 
 
 		 507 aa  194  9e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2289  integrase catalytic region  44.64 
 
 		 516 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4798  integrase catalytic region  44.64 
 
 		 516 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3716  Integrase catalytic region  44.49 
 
 		 523 aa  190  2e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.124306 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1224  integrase catalytic subunit  42.67 
 
 		 513 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6260  integrase catalytic subunit  41.81 
 
 		 517 aa  189  5e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.441371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5654  Integrase catalytic region  43.8 
 
 		 512 aa  188  8e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0559  integrase catalytic subunit  43.23 
 
 		 517 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4128  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0988  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1299  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2660  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  4e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549324  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0892  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1075  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 475 aa  185  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3187  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3708  integrase catalytic subunit  42.24 
 
 		 513 aa  185  6e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4290  integrase catalytic subunit  41.99 
 
 		 512 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.559076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4396  integrase catalytic subunit  41.99 
 
 		 512 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.624598  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4788  integrase catalytic subunit  41.99 
 
 		 512 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1038  integrase catalytic region  42.22 
 
 		 488 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1795  putative transposase  41.3 
 
 		 517 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.765121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1855  integrase catalytic subunit  42.17 
 
 		 507 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1463  transposase  44.78 
 
 		 487 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4730  integrase catalytic region  42.17 
 
 		 518 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5628  integrase catalytic region  42.17 
 
 		 518 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6206  integrase catalytic region  42.17 
 
 		 518 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1554  integrase catalytic subunit  38.1 
 
 		 519 aa  175  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2053  integrase catalytic subunit  38.1 
 
 		 519 aa  175  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3414  integrase catalytic subunit  38.1 
 
 		 519 aa  175  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.604761  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3399  integrase catalytic subunit  42.86 
 
 		 515 aa  175  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.976382  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3485  integrase catalytic subunit  42.86 
 
 		 515 aa  175  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.522877  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0283  integrase catalytic subunit  42.86 
 
 		 515 aa  175  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.188339  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2303  integrase catalytic subunit  42.86 
 
 		 515 aa  175  5e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.268136  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3594  integrase catalytic subunit  41.74 
 
 		 514 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00182  transposase  39.04 
 
 		 510 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01935  hypothetical protein  39.04 
 
 		 510 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06058  hypothetical protein  39.04 
 
 		 510 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06964  hypothetical protein  39.04 
 
 		 510 aa  171  5.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4696  integrase catalytic subunit  36.36 
 
 		 505 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.569862 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0303  integrase catalytic subunit  36.17 
 
 		 519 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2132  integrase catalytic subunit  36.17 
 
 		 519 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3016  integrase catalytic subunit  36.17 
 
 		 519 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5194  integrase catalytic subunit  35.96 
 
 		 525 aa  154  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.471073 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3122  hypothetical protein  36.17 
 
 		 316 aa  154  9e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0037  Integrase catalytic region  36.6 
 
 		 515 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0052  Integrase catalytic region  38.72 
 
 		 521 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0148  Integrase catalytic region  38.72 
 
 		 520 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3293  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823799  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3788  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6163  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4851  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6980  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2154  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.944811  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2120  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0442814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2963  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3092  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30832  normal  0.801547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6473  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0850  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4302  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00408602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3694  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00066117  hitchhiker  0.00045424 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4234  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5580  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6805  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2788  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.952319  normal  0.0224954 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5321  Integrase catalytic region  37.34 
 
 		 513 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1830  transposase subunit  39.5 
 
 		 526 aa  149  5e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2217  integrase catalytic subunit  36.4 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000287605 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1429  integrase catalytic subunit  39.08 
 
 		 524 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.398273  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1482  integrase catalytic subunit  39.08 
 
 		 524 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1925  integrase catalytic subunit  39.08 
 
 		 524 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.683538  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2241  integrase catalytic subunit  39.08 
 
 		 524 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2548  integrase catalytic subunit  35.37 
 
 		 518 aa  143  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1328  integrase catalytic subunit  36.16 
 
 		 513 aa  142  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1250  integrase catalytic subunit  34.22 
 
 		 513 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4138  integrase catalytic subunit  35.56 
 
 		 513 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1596  Integrase catalytic region  33.62 
 
 		 512 aa  135  4e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.151594  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0735  hypothetical protein  33.33 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5850  Integrase catalytic region  33.62 
 
 		 513 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5452  integrase catalytic region  47.89 
 
 		 458 aa  121  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6440  Integrase catalytic region  33.33 
 
 		 508 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000175464 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>