More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1038 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1038  integrase catalytic region  100 
 
 
488 aa  996    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5194  integrase catalytic subunit  57.46 
 
 
525 aa  559  1e-158  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.471073 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1795  putative transposase  52.42 
 
 
517 aa  522  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.765121  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6260  integrase catalytic subunit  52.22 
 
 
517 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.441371  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5628  integrase catalytic region  53.52 
 
 
518 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4730  integrase catalytic region  53.52 
 
 
518 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6206  integrase catalytic region  53.52 
 
 
518 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2289  integrase catalytic region  53.54 
 
 
516 aa  510  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4798  integrase catalytic region  53.54 
 
 
516 aa  510  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.288871  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1855  integrase catalytic subunit  51.93 
 
 
507 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3594  integrase catalytic subunit  51.72 
 
 
514 aa  500  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1938  integrase catalytic subunit  51.71 
 
 
512 aa  490  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.441696  normal  0.123274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0410  integrase catalytic subunit  50.91 
 
 
514 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0752835  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0598  integrase catalytic subunit  50.91 
 
 
514 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1852  integrase catalytic subunit  50.91 
 
 
514 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.687265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2396  integrase catalytic subunit  50.91 
 
 
514 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483197  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3180  integrase catalytic subunit  50.91 
 
 
514 aa  491  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.150597  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2256  integrase catalytic subunit  50.51 
 
 
514 aa  485  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2982  integrase catalytic subunit  50.71 
 
 
514 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00424027  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0997  integrase catalytic subunit  50.3 
 
 
514 aa  484  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4229  integrase catalytic subunit  50.1 
 
 
514 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0193  integrase catalytic subunit  50.3 
 
 
514 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1628  integrase catalytic subunit  50.3 
 
 
514 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4290  integrase catalytic subunit  49.3 
 
 
512 aa  479  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.559076  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4396  integrase catalytic subunit  49.3 
 
 
512 aa  479  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.624598  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4788  integrase catalytic subunit  49.3 
 
 
512 aa  479  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4696  integrase catalytic subunit  48.08 
 
 
505 aa  465  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.569862 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0988  integrase catalytic subunit  45.14 
 
 
513 aa  438  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1299  integrase catalytic subunit  45.14 
 
 
513 aa  438  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2660  integrase catalytic subunit  45.14 
 
 
513 aa  438  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.549324  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3187  integrase catalytic subunit  45.34 
 
 
513 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3708  integrase catalytic subunit  45.34 
 
 
513 aa  440  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1554  integrase catalytic subunit  45.05 
 
 
519 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2053  integrase catalytic subunit  45.05 
 
 
519 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3414  integrase catalytic subunit  45.05 
 
 
519 aa  436  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.604761  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4128  integrase catalytic subunit  44.83 
 
 
513 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0892  integrase catalytic subunit  45.14 
 
 
513 aa  438  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2841  ISPsy14, transposase  46.45 
 
 
504 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0126762  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1224  integrase catalytic subunit  44.13 
 
 
513 aa  428  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1075  integrase catalytic subunit  44.98 
 
 
475 aa  425  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1328  integrase catalytic subunit  42.31 
 
 
513 aa  412  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3716  Integrase catalytic region  43.9 
 
 
523 aa  411  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.124306 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1250  integrase catalytic subunit  44.31 
 
 
513 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00182  transposase  42.54 
 
 
510 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01935  hypothetical protein  42.54 
 
 
510 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06964  hypothetical protein  42.54 
 
 
510 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06058  hypothetical protein  42.54 
 
 
510 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4138  integrase catalytic subunit  41.38 
 
 
513 aa  397  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1811  integrase catalytic subunit  43.93 
 
 
510 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14945  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0706  integrase catalytic region  43.41 
 
 
528 aa  390  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00978905  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3740  putative transposase  41.01 
 
 
512 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0559  integrase catalytic subunit  41.34 
 
 
517 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9835  transposase  42.34 
 
 
517 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3399  integrase catalytic subunit  42.89 
 
 
515 aa  378  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.976382  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3485  integrase catalytic subunit  42.89 
 
 
515 aa  378  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.522877  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2303  integrase catalytic subunit  42.89 
 
 
515 aa  378  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.268136  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0283  integrase catalytic subunit  42.89 
 
 
515 aa  378  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.188339  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1463  transposase  44.28 
 
 
487 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5654  Integrase catalytic region  39.12 
 
 
512 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3593  integrase catalytic subunit  38.79 
 
 
513 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.454266 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1363  Integrase catalytic region  38.1 
 
 
507 aa  325  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0134  Integrase catalytic region  38.1 
 
 
507 aa  325  2e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.53025 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3016  integrase catalytic subunit  34.46 
 
 
519 aa  322  7e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0303  integrase catalytic subunit  34.46 
 
 
519 aa  322  7e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2132  integrase catalytic subunit  34.46 
 
 
519 aa  322  7e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5452  integrase catalytic region  45.43 
 
 
458 aa  320  3.9999999999999996e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681559  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2548  integrase catalytic subunit  35.41 
 
 
518 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6473  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6163  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2788  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.952319  normal  0.0224954 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2154  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.944811  normal  0.172855 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2120  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0442814  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3092  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30832  normal  0.801547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2963  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4851  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242832  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6805  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5580  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5321  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4234  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115769  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3694  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00066117  hitchhiker  0.00045424 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6980  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3293  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823799  normal  0.964616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0850  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4302  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00408602 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3788  Integrase catalytic region  36.33 
 
 
513 aa  305  9.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0612  integrase catalytic subunit  43.51 
 
 
472 aa  288  2e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352245  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0780  Integrase catalytic region  37.23 
 
 
432 aa  270  5.9999999999999995e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5850  Integrase catalytic region  32.39 
 
 
513 aa  267  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0148  Integrase catalytic region  33.8 
 
 
520 aa  263  8e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0052  Integrase catalytic region  33.8 
 
 
521 aa  262  8.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0037  Integrase catalytic region  31.25 
 
 
515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1596  Integrase catalytic region  32.8 
 
 
512 aa  251  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.151594  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1429  integrase catalytic subunit  31.36 
 
 
524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.398273  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1482  integrase catalytic subunit  31.36 
 
 
524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1925  integrase catalytic subunit  31.36 
 
 
524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.683538  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2241  integrase catalytic subunit  31.36 
 
 
524 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1830  transposase subunit  34.88 
 
 
526 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.733482  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3122  hypothetical protein  35.16 
 
 
316 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5413  integrase catalytic region  45.13 
 
 
385 aa  218  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2217  integrase catalytic subunit  38.08 
 
 
302 aa  205  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287605 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>