74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3917 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3917  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  100 
 
 		 256 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0691  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  78.93 
 
 		 283 aa  397  1e-109  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.363937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0452  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  73.39 
 
 		 250 aa  377  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2361  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  72.08 
 
 		 264 aa  360  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.26 
 
 		 366 aa  293  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5766  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  59.24 
 
 		 302 aa  291  6e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  58.09 
 
 		 372 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6302  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  56.79 
 
 		 251 aa  288  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  58.58 
 
 		 362 aa  288  4e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  57.26 
 
 		 361 aa  288  8e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5990  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.38 
 
 		 266 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62561  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0881  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  56.3 
 
 		 258 aa  278  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2031  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  58.33 
 
 		 251 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.439972 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0846  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  55.6 
 
 		 255 aa  276  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.89 
 
 		 254 aa  275  5e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3421  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.89 
 
 		 251 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157933  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1801  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  58.19 
 
 		 266 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0718323  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3321  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  54.55 
 
 		 254 aa  271  6e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.304052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1149  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  56.47 
 
 		 253 aa  270  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427046 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1739  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  55.32 
 
 		 252 aa  269  4e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.686029 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01590  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.89 
 
 		 250 aa  268  8e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.700679  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  56.71 
 
 		 255 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0193829 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0079  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  55.1 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  56.71 
 
 		 255 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0388  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  55.74 
 
 		 255 aa  265  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0651674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1980  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  58.26 
 
 		 249 aa  255  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3055  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.74 
 
 		 254 aa  229  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  53.39 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614403  normal  0.0196017 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2468  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.9 
 
 		 250 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.171563 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6510  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.8 
 
 		 235 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  0.029031 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4036  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  52.02 
 
 		 244 aa  225  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.368072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  52.05 
 
 		 239 aa  221  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.666649 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.6 
 
 		 239 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5899  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  52.04 
 
 		 239 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.545322 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5121  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.6 
 
 		 239 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2251  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.21 
 
 		 249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0593082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.22 
 
 		 259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00212827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.21 
 
 		 250 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6166  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.58 
 
 		 239 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0997558  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0859  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  46.44 
 
 		 251 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1682  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50 
 
 		 250 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0407  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.68 
 
 		 251 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0378  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.68 
 
 		 251 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2096  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.13 
 
 		 236 aa  216  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3307  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.67 
 
 		 270 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0403  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.68 
 
 		 251 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38800  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.67 
 
 		 250 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0511  coenzyme PQQ synthesis protein C  51.69 
 
 		 251 aa  216  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2490  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.13 
 
 		 236 aa  216  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0689284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50 
 
 		 250 aa  215  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0099529  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4672  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.21 
 
 		 251 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4825  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.72 
 
 		 251 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.864658 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1700  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  48.68 
 
 		 231 aa  215  7e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.446294 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1447  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.39 
 
 		 241 aa  214  8e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00984795  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.56 
 
 		 230 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0290  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  49.76 
 
 		 237 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.939123  normal  0.620425 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2621  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.53 
 
 		 240 aa  207  9e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2586  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  50.22 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0193551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2454  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  51.94 
 
 		 232 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.237207  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0323  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  46.93 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0541289  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41660  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  51.69 
 
 		 250 aa  195  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177841  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0731  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.64 
 
 		 243 aa  192  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.171697  normal  0.030389 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2177  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  46.12 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.744366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0845  TENA/THI-4 protein  24.79 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0880  coenzyme PQQ synthesis protein C, putative  23.22 
 
 		 219 aa  54.7  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0369  TENA/THI-4 protein  25.99 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.180108  normal  0.882306 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3762  coenzyme PQQ synthesis C  27.54 
 
 		 243 aa  52.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0900  coenzyme PQQ synthesis protein c, putative  25.14 
 
 		 236 aa  49.3  0.00006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0755189  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2636  coenzyme PQQ synthesis C  24.37 
 
 		 247 aa  48.9  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000230903  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3633  transcriptional activator, TenA family  25.76 
 
 		 238 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0078  TENA/THI-4 protein  25.87 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4350  TENA/THI-4 domain-containing protein  25.53 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1825  hypothetical protein  26.2 
 
 		 243 aa  42.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.429837  normal  0.202092 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0288  TENA/THI-4 domain-containing protein  22.94 
 
 		 246 aa  42  0.01  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000063147 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>