66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3421 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3421  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  100 
 
 
251 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157933  normal  0.705605 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2031  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  94.82 
 
 
251 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.439972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  94 
 
 
254 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0881  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  88.45 
 
 
258 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6302  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  82.07 
 
 
251 aa  438  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2448  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  77.14 
 
 
255 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0193829 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0792  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  77.14 
 
 
255 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0388  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  75.92 
 
 
255 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0651674  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5990  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.39 
 
 
266 aa  325  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62561  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1770  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.39 
 
 
362 aa  322  4e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.836859 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1818  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.15 
 
 
366 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2154  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.15 
 
 
372 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5766  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.02 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1801  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  67.36 
 
 
266 aa  318  3.9999999999999996e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0718323  normal  0.890279 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0517  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  64.32 
 
 
361 aa  317  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0079  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.53 
 
 
246 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1739  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.97 
 
 
252 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.686029 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0846  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  65.38 
 
 
255 aa  312  3.9999999999999997e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1980  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  66.67 
 
 
249 aa  311  6.999999999999999e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3321  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  62.92 
 
 
254 aa  303  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.304052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1149  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  61.73 
 
 
253 aa  296  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427046 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01590  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  60.92 
 
 
250 aa  291  9e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.700679  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0691  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.02 
 
 
283 aa  278  5e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.363937  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0452  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  56.78 
 
 
250 aa  278  5e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2361  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  54.17 
 
 
264 aa  272  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3917  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  57.89 
 
 
256 aa  267  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4036  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.26 
 
 
244 aa  207  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.368072  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  47.09 
 
 
250 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0099529  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2454  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  47.75 
 
 
232 aa  201  9e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.237207  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4825  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.85 
 
 
251 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.864658 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0403  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.72 
 
 
251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.865476  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0407  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.72 
 
 
251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0378  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.72 
 
 
251 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5967  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.09 
 
 
239 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614403  normal  0.0196017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0511  coenzyme PQQ synthesis protein C  44.39 
 
 
251 aa  195  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5159  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.39 
 
 
250 aa  194  9e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4672  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.95 
 
 
251 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2621  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  45.54 
 
 
240 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2096  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.39 
 
 
236 aa  193  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.49419  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5899  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.84 
 
 
239 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545322 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2490  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.39 
 
 
236 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0689284 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6166  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.84 
 
 
239 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0997558  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1447  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.79 
 
 
241 aa  192  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00984795  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2177  coenzyme PQQ biosynthesis protein C  45.41 
 
 
230 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.744366  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5121  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.05 
 
 
239 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14672  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3247  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.05 
 
 
239 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5160  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.05 
 
 
239 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.666649 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38800  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.8 
 
 
250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3307  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.8 
 
 
270 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.64 
 
 
230 aa  187  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612673  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1682  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  44.7 
 
 
250 aa  187  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.993196 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1700  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.44 
 
 
231 aa  186  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.446294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2251  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.24 
 
 
249 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0593082  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3055  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.53 
 
 
254 aa  184  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6510  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  41.03 
 
 
235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  0.029031 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0290  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.18 
 
 
237 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.939123  normal  0.620425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0246  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.1 
 
 
259 aa  181  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00212827 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0859  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  40.35 
 
 
251 aa  177  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2586  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  42.36 
 
 
243 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0193551  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2468  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  39.82 
 
 
250 aa  174  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.171563 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0323  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  40.59 
 
 
255 aa  170  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0541289  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41660  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  43.95 
 
 
250 aa  169  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177841  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0731  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqC  39.04 
 
 
243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.171697  normal  0.030389 
 
 
-
 
NC_002620  TC0900  coenzyme PQQ synthesis protein c, putative  26.14 
 
 
236 aa  48.9  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0755189  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3762  coenzyme PQQ synthesis C  20.76 
 
 
243 aa  43.9  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0880  coenzyme PQQ synthesis protein C, putative  23.7 
 
 
219 aa  43.5  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>